Efter de franske atomprøvesprængninger i det sydlige Stillehav bliver en ukendt skabning set passere østpå gennem Panamakanalen. Videnskabsmanden Niko Tatopolous bliver tilkaldt for at undersøge sagen, og han når hurtigt frem til konklusionen, at en kæmpe, bestrålet øgle er blevet skabt af eksplosionerne. Godzilla bevæger sig derefter nordpå, lander i Manhattan for at begynde at forårsage kaos i storbyen. Selv med de samlede kræfter fra den amerikanske militærmagt til at bekæmpe monstret, vil det være nok til at redde folket i New York?