Godzilla: Tokyo S.O.S: I 2004 gennemgår Kiryu reparations-modifikationer efter kampen med Godzilla et år tidligere. Statsminister Hayato Igarashi accepterer Lead Scientist Yoshito Chujo’s valg om at udskifte Absolute Zero Cannon med en kraftfuld Tri-Maser. Shobijin (Mothra’s tvillingsvensynder) advarer den japanske regering om, at Godzilla fortsætter med at vende tilbage til Japan, fordi de brugte den originale Godzillas knogler i Kiryu’s design. Hvis de returnerer knoglerne til bunden af havet, vil Mothra med glæde tage Kiryu’s plads i forsvaret af Japan, men hvis de ikke gør det, vil Mothra erklære krig mod menneskeheden. Snart finder man en kæmpe mata mata-skjoldpadde, Kamoebas, skyllet op på en japansk strand. Det fastslås ud fra sårene på Kamoebas’ hals, at Godzilla slog den ihjel. Godzilla og Mothra kæmper, men Godzilla synes at have overtaget. Med reparationerne færdige lige i tide formår Kiryu at udligne oddsene, men Godzilla slår stadig både den og Mothra ud. I mellemtiden, på Infant Island, klækkes to tvillinge-Mothra-larver fra Mothras æg og skynder sig for at hjælpe deres mor. Mens Kiryu gennemgår reparationer igen, forsøger larverne at holde Godzilla væk, men Mothra ofrer sig ved at flyve i vejen for Godzillas atomar ånde og redder larverne. Lige i tide får Yoshito og menneskene repareret Kiryu, som stikker Godzillas bryst med et bor, hvilket får Godzilla til at blø og ulæde i smerte. Larverne begynder at binde Godzilla med silke. Lige som Kiryu’s pilot, Azusa Kisaragi, modtager ordre fra Igarashi om at ødelægge Godzilla, før Kiryu-projektet bliver nedlagt, genopvåges Kiryu’s sjæl gennem Godzillas brøl. Cyborgen løfter Godzilla og sikrer sit greb med kabler. Kiryu bruger derefter sine boosters til at bære sig selv og Godzilla til havets bund. I filmens post-credit-scene, på et uoplyst sted, vises et laboratorium fyldt med tinkturer, der indeholder DNA fra talrige Toho-kaiju. Det nævnes i den japanske version via en fortæller, der annoncerer, at et “bio-formations”-eksperiment, involverende et “udryddet subjekt”, er ved at finde sted, hvilket antyder, at JXSDF planlægger at skabe endnu en mecha- eller kaiju-baseret supervåben, hvilket kunne betyde, at Godzilla eller en anden monster kunne dukke op igen. I den japanske version ses Godzilla og Kiryu endnu en gang, brøle, som de synker ned i havet. Godzilla Final Wars: År efter et første angreb på Tokyo i 1954, er Godzilla indespærret under is i Antarktis efter en kamp med den originale Gotengo. I senere år forårsager miljøkatastrofer fremkomsten af kæmpe monstre og supermennesker, kaldet “mutanter”, som derefter rekrutteres til Earth Defense Force (EDF) til kamp mod monstrene. En opgraderet Gotengo, beordret af kaptajn Gordon, kæmper og ødelægger Manda, men skibet bliver skadet i processen og dets kaptajn Douglas Gordon bliver suspenderet fra EDF. Mutant-soldat Shinichi Ozaki får til opgave at beskytte en FN-biolog, Dr. Miyuki Otonashi, som sendes for at studere en mumificeret monster. De bliver teleporteret til Infant Island, hvor de møder Shobijin, Mothra’s feer, som afslører den mumificerede monster som Gigan, en rumvæsen-cyborg sendt til at ødelægge Jorden, som til sidst blev besejret af Mothra. De advarer om, at et kamp mellem godt og ondt snart vil finde sted, og at Ozaki skal vælge side. Gigantiske monstre begynder at angribe flere store byer. EDF’erne bekæmper væsnerne, som mystisk forsvinder samtidigt, da et fremmed mødership dukker op over Tokyo. De fremmede, kaldet Xiliens, advarer om en indkommende planet kaldet “Gorath”, som snart vil ramme Jorden. En fredsaftale underskrives mellem Jorden og Xiliens. I mellemtiden findes Minilla, Godzilla’s søn, i skoven af en dreng og hans bedstefar. Mistroiske over for Xiliens opdager Ozaki, Miyuki og hendes søster Anna, at Gorath de så, faktisk er en hologram og at fremmederne har erstattet flere EDF-medlemmer med dubletter. Efter at deres art bliver afsløret, og der dræbes en overordnet for at få kommandoen, afslører Xilien Controller X deres planer om at bruge mennesker som fødekilde, mens de tager kontrol over alle mutanter undtagen Ozaki. X har også monstre under sin kontrol og vækker Gigan for at få dem til at udrydde EDF. Gruppen flygter med Gigan i hælene, Gordon overbeviser dem om at rejse til Antarktis for at frigive Godzilla, som let ødelægger Gigan. Gotengo fører derefter Godzilla i kamp mod de andre monstre og vender tilbage til Tokyo for at engagere Xiliens. Efter at have trængt gennem moderskibet bliver gruppen fanget og ført for X, da han har indkaldt Gorath til Jorden. Selvom Godzilla ødelægger Gorath lige før den styrter ned, udløser det Monster X, og de to monstre kæmper. En opgraderet Gigan hjælper Monster X, men bliver afbrudt af Mothra, som er særdeles såret, mens hun formår at ødelægge cyborgen. I Xilien-skibet opstår der kamp, mens de ikke kan få kontrol over mennesket på grund af Shobijinernes velsignelse; X afslører, at både han og Ozaki er overlegne væsener kendte som “Keizers”. X er dødeligt såret, men han udløser skibets selveksplosion, mens gruppen falder tilbage til Gotengo få øjeblikke før moderskibet eksploderer. Godzilla og Monster X fortsætter deres kamp, idet sidstnævnte forvandles til sin sande form, Keizer Ghidorah. Keizer Ghidorah får indledende overtaget, men Godzilla sejrer til sidst. Minilla kommer frem på scenen og overtaler Godzilla til ikke at ødelægge Gotengo. Overlevere ser Godzilla og Minilla vende tilbage til havet.