Godzilla Vs. Destroyah Godzilla, med kroppen i brand, lægger sieg til Hongkong. Det opdages, at Kongen af monstre er på randen af en nedbrud. Hvis Godzilla når en kritisk temperatur, vil en efterfølgende detonation bryde direkte ud til Jordens kerne og få en katastrofal virkning. Imens ses et mystisk race af krebstærk-lignende væsner rundt om i Japan. Seneste undersøgelser har været udført på en proces kaldet Micro Oxygen, en metode til at øge størrelsen på noget som en mulig løsning for at hjælpe med fødevaremanglen. Denne nye skabning synes dog at have en mere gammel historie, født af Oxygen Destroyer selv, der dræbte den oprindelige Godzilla i 1954. Godzilla vs. Megaguirus: I 1954 træder Godzilla frem første gang og angriber Tokyo, og får byen til at være i flammer. Japan genopbygges, men i 1966 vækkes Godzilla til live igen efter opførelsen af et atomkraftværk. Skabningen angriber Tokai og ødelægger værket. Landet søger herefter at undgå kerneenergi, men finder sig selv ude af stand til at forsyne nationen med energi. I 1996 gøres et gennembrud ved hjælp af en ny energikilde: plasma energi. Desværre vækker dette også Kongen af monstre, som angriber Osaka og bygningen, der opbevarer teknologien. Som særligt tab bliver Kiriko Tsujimori's underordnede dræbt, hvilket skaber et hævntørst mellem hende og Godzilla. Fem år senere begynder G-Graspers, en gruppe beregnet til at håndtere Godzilla, at afprøve et nyt våben: Dimension Tide, som skaber små sorte huller. Det er deres håb, at dette endelig vil dræbe Godzilla. Testen vækker imidlertid en anden, ældgammel ondskab...