Team G.I. Joe kæmper ikke kun for deres liv, de kæmper også for deres helt eksistens. Falsktiltalte for forbrydelser mod landet bliver de tvunget til at opløses efter en præsidentiel ordre. De overlevende medlemmer af holdet står ansigt til ansigt med Zartan, Cobra og de verdensledere, som han har under sin indflydelse!