Godzilla mod MechaGodzilla II: I 1992 etablerer De Forenede Nationer De Forenede Nationers Godzilla-målsætninger Center (UNGCC) for at stoppe Godzilla. Den mekaniske midterhoved af Mecha-King Ghidorah bliver reddet af UNGCCs militære gren, kendt som G-Force, og omdrejningsforløbet til at skabe to anti-Godzilla-maskiner, den første er et luftigt geværskib kaldet Garuda og en mecha modelleret efter Godzilla kaldet Mechagodzilla. To år senere, på en mission til Adona-øen i Beringhavet, støder et japansk hold på, hvad de antager er et stort Pteranodon-æg. Ægget udsender et telepatisk signal, der tiltrækker Godzilla og Rodan, et voksen Pteranodon, der er blevet bestrålet af den nukleare affald. Godzilla gør Rodan svært sårede under den efterfølgende kamp, mens forskerteamet flygter med ægget. Det bringes til et forskningscenter i Kyoto, hvor det aftrykker sig på en ung kvindelig videnskabsmand. Da et Baby Godzilla klækkes ud af ægget, konkluderer forskerteamet, at ægget blev efterladt i Pteranodon-nestet sammen med Rodan på en måde, der ligner den boplads-parasitisme, som europæiske køer viser. Godzilla viser sig i Japan og reagerer igen på creature's psykiske kald. JSDF mobiliserer Mechagodzilla, som afbryder Godzilla, mens han bevæger sig mod Kyoto. De to kæmper, med Mechagodzilla tilsyneladende har overhånden, indtil Godzilla deaktiverer Mechagodzilla med et energipuls. Godzilla fortsætter med at søge efter Baby, men videnskabsfolkene, efter at have opdaget den telepatiske forbindelse mellem monstre, beskytter den mod Godzilla. Irriteret ødelægger Godzilla det meste af Kyoto, inden han vender tilbage til havet. Tester på babyen afslører, at den har en anden hjerne i hofterne, som kontrollerer dyrets bevægelse. UNGCC antager, at dette også gælder for Godzilla, og beslutter at bruge Baby til at lokke Godzilla i kamp med Mechagodzilla. "G-Crusher" installeres i Mechagodzillas håndled, hvilket tillader robotten at trænger ind i Godzillas hud og lamme monstret ved at ødelægge sin anden hjerne. Miki Saegusa, en ung psyker, får ordre på at blive en del af Mechagodzillas besætning og at lokalisere Godzillas rygmarv. Hun er tilbageholdende med at gøre dette på grund af sin mentale forbindelse til Godzilla (etableret i Godzilla vs. Biollante), men følger sine ordrer. Planen går galt, da Rodan, som har overlevet sin kamp med Godzilla og yderligere muteret af stråling, reagerer på Baby’s kald og afbryder UNGCC-transporten. UNGCC bliver tvunget til at sende Mechagodzilla og Garuda efter Rodan i stedet, og i den efterfølgende kamp bliver Rodan dødeligt såret. Godzilla dukker op få øjeblikke senere og angriber Mechagodzilla. Når de to ser ud til at være ligevægt, forener Mechagodzilla sig med Garuda. Den opgraderede Mechagodzilla, kaldet Super-Mechagodzilla, gennemfører G-Crusher-planen og lykkes i at lamme Godzilla. Pludselig, den døende Rodan, igen genoplivet af Baby’s kald, begynder at flyve mod Baby, men bliver skudt ned af Mechagodzilla og rammer oven på Godzilla. Rodans livskraft regenererer Godzillas anden hjerne og giver den superkraft. Nu mere ustoppelig end nogensinde angriber Godzilla og ødelægger Super-Mechagodzilla med en højstrømmende rød spiralatomstråle. Godzilla finder endelig Baby, som i første omgang er bange for den kæmpe monster. Miki telepatisk kommunikerer med Baby og overbeviser den om at gå med Godzilla. De to monstre bevæger sig ud til havet. Godzilla vs. SpaceGodzilla: Godzilla-celler bragt ud i rummet af Biollante og Mothra udsættes for intens stråling fra et sort hul, hvilket resulterer i fødslen af "SpaceGodzilla", som hurtigt bevæger sig mod Jorden og ødelægger en NASA-rumsstation undervejs. Samtidig ankommer medlemmer af United Nations Godzilla Countermeasures Center til Birth Island for at plante en hjerne-kontrol-device på Godzilla. Cosmos, Mothras tvillingsprinsesser, viser sig for psyken Miki Saegusa og advarer hende om SpaceGodzillas ankomst. M.O.G.U.E.R.A. (Mobile Operations G-Force Universal Expert Robot: Aero-type), en mecha bygget af JSDF for at erstatte Mechagodzilla, sendes ind for at afbryde SpaceGodzilla, men lider skade i processen. SpaceGodzilla lander på Birth Island og angriber Godzillas afkom, Little Godzilla. Godzilla griber ind, men finder sig overvældet af SpaceGodzilla og er magtesløs til at stoppe dens klon fra at fange Little Godzilla i et krystalfængsel. SpaceGodzilla rejser mod Japan med Godzilla i hælene. Kort tid derefter kidnapper Yakuza Miki og bringer hende tilbage til deres base i Fukuoka i et forsøg på at bruge hendes psykiske evner til at få kontrol over Godzilla. Miki bliver reddet af et redningshold, før SpaceGodzilla ankommer. SpaceGodzilla lander i det centrale Fukuoka og danner en massiv fæstning af himmelske krystaller. M.O.G.U.E.R.A. ankommer for igen at bekæmpe SpaceGodzilla, men er stadig ingen match for den. Godzilla ankommer til Kagoshima-bugten og kæmper SpaceGodzilla, men SpaceGodzilla får let overtaget. JSDF opdager, at SpaceGodzilla bruger Fukuoka-tårnet som en strømomformer og bruger det til at omdanne Jordens kerne til en energi, som SpaceGodzilla kan absorbere, hvilket langsomt udryddes planeten. Mens Godzilla kæmper med SpaceGodzilla, opdeles M.O.G.E.R.A. i to forskellige mechaer: Star Falcon, et flyvende slagsskib, og Land M.O.G.U.E.R.A., en tank med en stor kobling foran. Mechaerne beskadiger krystal-fæstningen, mens Godzilla vælter Fukuoka-tårnet og skærer SpaceGodzillas energiforsyning. M.O.G.U.E.R.A. reformerer hurtigt og tvinger SpaceGodzillas krystal-lignende skulderformationer væk, hvilket svækker det. SpaceGodzilla skader M.O.G.U.E.R.A. alvorligt, men bliver senere brændt op af Godzillas superladede atomvarme stråle. Godzilla vender tilbage til Birth Island, efter at Miki bruger sine psykiske kræfter til at fjerne mind control-enheden fra dens hals. Little Godzilla bliver herefter løst fra krystalindespærring og begynder at puste små radioaktive bobler.