Det er en fredelig dag i Japan, da en mærkelig vandfontæne bryder ud i bugten og spreder panik blandt embedsmændene. Først mistænker de kun vulkansk aktivitet, men en ung leder tør tænke, at det måske er noget anderledes… noget levende. Hans værste mareridt bliver virkelighed, når et kæmpe, gællede monster træder op fra dybet og begynder at rive gennem byen, og efterlader intet andet end ødelæggelse i kølvandet. Som regeringen haster for at redde borgerne, skærer et røverkæmpet hold frivillige igennem en masse bureaukrati for at afdække monsterets svaghed og dets mystiske bånd til en udenlandsk supermagt. Men tiden er ikke på deres side – den største katastrofe, verden nogensinde har oplevet, er ved at udvikle sig foran deres øjne.