Efter at være blevet trukket op af havet med to kugler i ryggen vågner Jason Bourne ombord på en fiskerbåd uden erindring om hans involvering i en tophemmelig, sort operation af CIA kaldet Treadstone. Mens han kæmper for at genvinde sin hukommelse, udnævner hans tidligere arbejdsgivere ham til en rogu-agent og målretter ham til udslettelse. Bourne opdager senere igen sine ekstraordinære overlevelsesfærdigheder, herunder hånd-til-hånd-kamp, martial arts og flere sprog, og begynder at forstå, hvem han virkelig er.