Da hans elskerinde bliver myrdet og han bliver fejlagtigt dømt for mordet på en kollega-agent, finder Jason Bourne sig selv på flugt igen. Men jo tættere han kommer killerne til hans kærestes gerningssted, jo mere går det op for ham, at hans tidligere kyndige vagtere er tilbage på hans spor. Efter at hans fingeraftryk bliver fundet på gerningsstedet i Berlin, bliver en ambitiøs CIA-operativ besluttet på at stoppe ham én gang for alle. Hæmmet af hæmmende fragmenterede minder, mens han navigerer i labyrinten af international spionage, må Bourne overliste, overmane og overmenneske nogle af de mest magtfulde kræfter i verden bare for at overleve.