Sat i Japan i 1870’erne fortæller The Last Samurai historien om kaptajn Nathan Algren, en respekteret amerikansk militær officer hyret af Japans kejser til at træne landets første hær i kunsten af moderne krigsførelse. Mens kejseren forsøger at udrydde de gamle kejserlige Samuraikrigere som forberedelse til mere vestliggjorte og handelsvenlige regeringspolitikker, bliver Algren uventet imponeret og påvirket af sine møder med Samuraien, hvilket placerer ham i centrum af en kamp mellem to æraer og to verdener, med kun sin egen ære som guide.