"Admiral" James T. Kirk begrudgesfuldt begiver sig ud på en kadet-krydstogt i den nykårede Starfleet Academy træningsstjerneskib, USS Enterprise. Så bliver hele hans verden virkelig vendt på hovedet, når han støder på sin gamle fjende – Khan Noonien Singh! Efter 15 knasende hårde år i eksil på planeten Ceti Alpha V er Khan og hans tilhængere undsluppet ved at kapre et rumskib. Endnu værre har Khan opdaget planer for test af planetens omkonfigurerings “Genesis Device.” Under den følgende kamp bliver begge rumskibe knækket. Men Khan er i stand til at finde og stjæle enheden for at bruge den som et våben. Deres kat-og-mus-spil bliver til sidst dødeligt for begge skibe. Hævnlyst Khan er mere end klar til at offrere alt. Kirk er ikke, og han gør desperate forsøg på at redde sit skib. Den dødelige løsning vil koste ham mere, end han nogensinde har måttet betale før, hans ven!