Captain Picard og besætningen på U.S.S. Enterprise-E står ansigt til ansigt med en Klon af Picard kaldet Shinzon, der regerer planeten Remus. Den døende Shinzon har brug for Picards genetiske materiale for at overleve, men hans forsøg på at kidnappe Picard mislykkes, hvilket sætter scenen for en altomfattende kamp om universets kontrol. Besætningen vil tage et standpunkt. Karakterer vil dø, men Enterprise-ånden vil leve for altid.