Neo, Morpheus, Trinity og resten af deres besætning fortsætter kampen mod maskinerne, der har gjort menneskeheden til slave i Matrixen. Nu vågner flere mennesker op af matrixen og forsøger at leve i den virkelige verden. Efterhånden som deres antal vokser, flytter kampen til Zion, den sidste virkelige by og centrum for menneskelig modstand.