Ninja Captains for Nintendo DS skiller sig ud med sit strategiske tur-baserede kampdesign sat imod en fængende fortælling om ninjaklaner, der kæmper om dominans. Spillere leder et hold af karakteristiske ninja-krigere, hver med unikke evner og baghistorier, mens de navigerer gennem rigt udformede missioner og udfoldende konspirationer. Spillets verden skildrer rigt de gamle rivaliseringer og hemmelige teknikker, hvilket skaber en opslugende oplevelse for fans af taktiske RPG’er og ninja-området.