Teenage social outcast Peter Parker tilbringer sine dage med at forsøge at afsløre mysteriet om sin egen fortid og vinde hjertet hos sin gymnasiecrush, Gwen Stacy. Peter opdager en mystisk kuffert tilhørende hans far, som forlod ham, da han var barn, hvilket fører ham til sin fars tidligere partner, Dr. Curtis Connors. Opdagelsen af hans fars hemmelighed vil til sidst forme hans skæbne til at blive "Spider-Man" og bringe ham ansigt til ansigt med Connors, der bliver den grusomme og hævnlystne Lizard.