Godzilla: Tokyo S.O.S: Im Jahr 2004 durchläuft Kiryu Reparaturmodifikationen nach seinem Kampf mit Godzilla ein Jahr zuvor. Premierminister Hayato Igarashi akzeptiert die Wahl des Leitscientisten Yoshito Chujo, den Absolute Zero Cannon durch eine mächtige Tri-Maser zu ersetzen. Die Shobijin (Zwillingsfeen von Mothra) warnen die japanische Regierung, dass Godzilla weiterhin nach Japan zurückkehrt, weil sie die Knochen des ursprünglichen Godzilla in Kiryu's Design verwendet haben. Wenn sie die Knochen zurück zum Meeresboden bringen, würde Mothra bereitwillig Kiryu als Verteidiger Japans ersetzen, doch wenn sie dies nicht tun, wird Mothra Krieg gegen die Menschheit erklären. Bald darauf wird Kamoebas, eine riesige Mata-Mata-Schalttier, kiefernahe am japanischen Strand angespült gefunden. An den Wunden am Hals von Kamoebas wird festgestellt, dass Godzilla es getötet hat. Godzilla und Mothra kämpfen, doch Godzilla scheint die Oberhand zu behalten. Mit den Reparaturen, die gerade noch rechtzeitig abgeschlossen werden, gelingt Kiryu es, die Chancen auszugleichen, aber Godzilla schafft es dennoch, sowohl Kiryu als auch Mothra zu überwältigen. Unterdessen schlüpfen auf Infant Island zwei Zwillings-Mothra-Larven aus Mothras Ei und eilen herbei, um ihrer Mutter zu helfen. Während Kiryu erneut repariert wird, versuchen die Larven, Godzilla abzuwehren, doch Mothra opfert sich, indem sie sich dem Strahl Godzillas in den Weg stellt und so die Larven rettet. Genau rechtzeitig erhält Kiryu von Yoshito und den Menschen den Auftrag, Godzilla zu zerstören, bevor das Kiryu-Projekt eingestellt wird; Kiryu's Seele wird durch Godzillas Gebrüll wiedererweckt. Der Cyborg hebt Godzilla hoch und sichert seinen Griff mit Kabeln. Kiryu nutzt anschließend seine Boosters, um sich und Godzilla zum Meeresboden zu tragen. In der Nachspannszene des Films wird an einem unbekannten Ort ein Labor gezeigt, gefüllt mit Kanistern, die die DNA zahlreicher Toho-Kaiju enthalten. In der japanischen Version wird von einem Erzähler angekündigt, dass ein „Bio-Formation“-Experiment mit einem „ausgestorbenen Subjekt“ stattfinden soll, was darauf hindeutet, dass die JXSDF plant, eine weitere Mecha- oder kaiju-basierte Superwaffe zu schaffen, was bedeuten könnte, dass Godzilla oder ein anderer Monster erneut erscheinen könnte. In der japanischen Fassung sieht man Godzilla und Kiryu ein weiteres Mal brüllen, während sie sich in den Ozean stürzen. Godzilla Final Wars: Jahre nach einem ersten Angriff auf Tokyo im Jahr 1954 wird Godzilla unter dem Eis in der Antarktis eingeschlossen, nach einem Kampf mit dem ursprünglichen Gotengo. In späteren Jahren verursachen Umweltkatastrophen das Auftreten riesiger Monster und Supermenschen, die als „Mutanten“ bezeichnet werden und in die Earth Defense Force (EDF) rekrutiert werden, um die Monster zu bekämpfen. Ein aufgerüstetes Gotengo, befehligt von Captain Gordon, kämpft und zerstört Manda, doch das Schiff wird dabei beschädigt und sein Kapitän Douglas Gordon wird vom EDF suspendiert. Der Mutantensoldat Shinichi Ozaki wird damit beauftragt, eine UN-Biologin, Dr. Miyuki Otonashi, zu bewachen, die entsandt wird, um ein mumifiziertes Monster zu studieren. Sie werden nach Infant Island teleportiert, wo sie die Shobijin, Feen von Mothra, treffen, die das mumifizierte Monster als Gigan enthüllen, einen außerirdischen Cyborg, der die Erde zerstören soll und letztlich von Mothra besiegt wurde. Sie warnen, dass bald ein Kampf zwischen Gut und Böse stattfinden wird und dass Ozaki eine Seite wählen muss. Riesige Monster greifen mehrere Großstädte an. Die EDF bekämpft die Kreaturen, die sich jedoch bei dem gleichen Moment unsichtbar machen, in dem ein außerirdisches Mutterschiff über Tokyo erscheint. Die Aliens, namens Xiliens, warnen, dass ein einkommender Planet namens „Gorath“ bald die Erde treffen wird. Ein Friedensabkommen wird zwischen Erde und den Xiliens unterzeichnet. Unterdessen wird Minilla, Godzillas Sohn, von einem Jungen und seinem Großvater im Wald gefunden. Den Xiliens misstrauend entdecken Ozaki, Miyuki und ihre Schwester Anna, dass Gorath, den sie sahen, eigentlich ein Hologramm ist und dass die Aliens mehrere EDF-Mitglieder durch Duplikate ersetzt haben. Nachdem ihre Art entlarvt ist und ihn befiehlt, seinen Vorgesetzten zu töten, enthüllt der Xilien-Controller X ihre Pläne, Menschen als Nahrungsquelle zu nutzen und gleichzeitig alle Mutanten bis auf Ozaki zu kontrollieren. X hat auch die Monster under seine Kontrolle gebracht und weckt Gigan, damit sie die EDF auslöschen. Die Gruppe entkommt, während Gigan sie verfolgt; Gordon überzeugt sie, nach Antarktis zu reisen, um Godzilla freizusetzen, der Gigan mühelos zerstört. Das Gotengo führt Godzilla dann in den Kampf mit den anderen Monstern und kehrt nach Tokio zurück, um sich den Xiliens zu stellen. Nachdem das Mutterschiff durchdrungen ist, wird die Gruppe gefangen genommen und vor X gebracht, der Gorath auf die Erde herbeigerufen hat. Obwohl Godzilla Gorath kurz vor dem Absturz zerstört, setzt es Monster X frei, und die beiden Monster kämpfen. Ein aufgerüsteter Gigan unterstützt Monster X, wird aber von Mothra abgefangen, die schwer verwundet wird, während sie es schafft, den Cyborg zu zerstören. Im Xilien-Schiff entbrennt ein Kampf, während es X nicht gelingt, die Menschen wegen der Segnungen der Shobijins zu kontrollieren; X offenbart, dass sowohl er als auch Ozaki höhere Wesen bekannt als „Keizers“ seien. X wird tödlich verwundet, löst jedoch die Selbstzerstörung des Schiffs aus, während die Gruppe kurz vor dem Absturz wieder zum Gotengo zurückfallen. Godzilla und Monster X setzen ihren Kampf fort, wobei Letzterer sich in seine wahre Gestalt, Keizer Ghidorah, verwandelt. Keizer Ghidorah erlangt zunächst die Oberhand, doch Godzilla geht am Ende siegreich hervor. Minilla taucht am Schauplatz auf und überzeugt Godzilla davon, das Gotengo nicht zu zerstören. Die Überlebenden sehen zu, wie Godzilla und Minilla wieder ins Meer zurückkehren.