Godzilla Vs. Destroyah Godzilla, dessen Körper brennend, belagert Hongkong. Es wird entdeckt, dass der König der Monster am Rande eines Zusammenbruchs steht. Wenn Godzilla eine kritische Temperatur erreicht, würde eine daraus resultierende Detonation direkt zum Erdzentrum vordringen und katastrophale Folgen haben. Unterdessen wird in ganz Japan eine mysteriöse Rasse von krebsartigen Lebewesen gesichtet. Jüngste Studien befassen sich mit einem Prozess namens Micro Oxygen, einer Methode, die Größe von etwas zu erhöhen, als mögliche Lösung zur Bewältigung von Lebensmittelknappheit. Allerdings scheint diese neue Kreatur eine ältere Geschichte zu haben, geboren aus dem Oxygen Destroyer selbst, der 1954 das ursprüngliche Godzilla tötete. Godzilla vs. Megaguirus: Im Jahr 1954 taucht Godzilla erstmals auf und greift Tokio an, die Stadt in Flammen hüllend. Japan wird wieder aufgebaut, doch 1966 erweckt sich Godzilla erneut, nachdem ein Kernkraftwerk errichtet wurde. Die Kreatur greift Tokai an und zerstört das Werk. Das Land versucht daraufhin, Kernenergie zu vermeiden, findet sich aber unfähig, die Nation zu versorgen. 1996 wird eine bahnbrechende Entdeckung aus einer neuen Energiequelle gemacht: Plasmaenergie. Leider erweckt auch diese den König der Monster, der Osaka angreift und das Gebäude, das die Technologie speichert. Als Kollateralschaden wird Kiriko Tsujimoris Vorgesetzter getötet, was zu einer Vendetta zwischen ihr und Godzilla führt. Fünf Jahre später beginnen die G-Graspers, eine Gruppe, die sich mit Godzilla befassen soll, mit dem Testen einer neuen Waffe: der Dimension Tide, die winzige schwarze Löcher erzeugt. In der Hoffnung, damit Godzilla endgültig zu töten. Der Test weckt jedoch ein anderes, uraltes Böses...