Godzilla gegen MechaGodzilla II: Im Jahr 1992 gründet die Vereinten Nationen die United Nations Godzilla Countermeasures Center (UNGCC), um Godzilla zu stoppen. Der mechanische mittlere Kopf von Mecha-King Ghidorah wird von der militärischen Abteilung der UNGCC, bekannt als G-Force, geborgen und rückentwickelt, um zwei Anti-Godzilla Maschinen zu erschaffen, wobei die erste ein Luft-Gunship namens Garuda ist und ein Mecha, das nach Godzilla modelliert ist, Mechagodzilla. Zwei Jahre später, auf einer Mission zur Adona-Insel im Beringmeer, stößt ein japanisches Team auf das, was sie für ein großes Pterosaurier-Ei halten. Das Ei gibt ein telepathisches Signal ab, das Godzilla und Rodan anzieht, einen erwachsenen Pteranodon, der durch das Nuklearabfall irradiation wurde. Godzilla verwundet Rodan in der anschließenden Schlacht schwer, während das Forschungsteam mit dem Ei flieht. Es wird in ein Forschungszentrum in Kyoto gebracht, wo es sich an eine junge weibliche Wissenschaftlerin anpasst. Als aus dem Ei Baby Godzilla schlüpft, schließen die Forscher, dass das Ei im Nest der Pteranodon zusammen mit Rodan auf eine Weise hinterlassen wurde, die dem Brutparasitismus ähnelt, wie er von europäischen Kuckucken gezeigt wird. Godzilla erscheint in Japan und reagiert erneut auf den psychischen Ruf der Kreatur. Die JSDF mobilisiert Mechagodzilla, der Godzilla abfängt, während dieser sich nach Kyoto bewegt. Die beiden kämpfen, wobei Mechagodzilla scheinbar die Oberhand hat, bis Godzilla Mechagodzilla mit einer Energiewelle außer Gefecht setzt. Godzilla setzt seine Suche nach Baby fort, aber die Wissenschaftler, die die telepathische Verbindung zwischen den Monstern entdeckt haben, schützen es vor Godzilla. Frustriert zerstört Godzilla den größten Teil Kyotos, bevor er wieder ins Meer zurückkehrt. Tests am Baby zeigen, dass es einen zweiten Gehirn in seinen Hüften hat, das die Bewegung des Tieres steuert. Die UNGCC nimmt an, dass dies auch für Godzilla gilt, und beschließt, Baby zu verwenden, um Godzilla in einen Kampf mit Mechagodzilla zu locken. Der „G-Crusher“ wird in Mechagodzillas Handgelenke eingebaut und ermöglicht es dem Roboter, Godzillas Haut zu durchdringen und das Monster zu lähmen, indem es sein zweites Gehirn zerstört. Miki Saegusa, eine junge Telepathin, wird angewiesen, Teil der Mechagodzilla-Crew zu werden und Godzillas Rückenmarkbraut zu finden. Sie zögert zunächst, dies zu tun, wegen ihrer geistigen Verbindung mit Godzilla (in Godzilla gegen Biollante etabliert), folgt aber ihren Befehlen. Der Plan geht schief, als Rodan, nachdem es den Kampf mit Godzilla überlebt hat und durch Strahlung weiter mutiert wurde, auf Babys Ruf reagiert und den UNGCC-Transport abfängt. Die UNGCC ist gezwungen, Mechagodzilla und Garuda hinter Rodan her zu schicken, und im anschließenden Kampf wird Rodan tödlich verwundet. Godzilla taucht wenige Augenblicke später auf und greift Mechagodzilla an. Als die beiden gleich stark zu sein scheinen, kombiniert sich Mechagodzilla mit Garuda. Der verbesserte Mechagodzilla, genannt Super-Mechagodzilla, führt den G-Crusher-Plan aus und gelingt es, Godzilla zu lähmen. Plötzlich, der sterbende Rodan, erneut von Babys Ruf wiederbelebt, fliegt auf Baby zu, wird aber von Mechagodzilla abgeschossen und stürzt auf Godzilla. Rodans Lebensenergie regeneriert Godzillas zweites Gehirn und macht es wieder stark. Nun unaufhaltsamer denn je greift Godzilla an und zerstört Super-Mechagodzilla mit einem hochgedrillten roten Spiral-Atomsstrahl. Godzilla findet schließlich Baby, das zunächst vor dem riesigen Monster ängstlich ist. Miki kommuniziert telepathisch mit Baby und überzeugt es, mit Godzilla zu gehen. Die beiden Monster machen sich auf den Weg ins Meer. Godzilla gegen SpaceGodzilla: Godzilla-Zellen, die durch Biollante und Mothra ins All gebracht wurden, werden durch intensive Strahlung eines Schwarzen Lochs exponiert, was zur Geburt von „SpaceGodzilla“ führt, der sich schnell zur Erde aufmacht und dabei eine NASA-Weltraumstation zerstört. Unterdessen treffen Mitglieder des United Nations Godzilla Countermeasures Center auf Birth Island ein, um dort eine Gedankenkontrollvorrichtung auf Godzilla zu installieren. Die Cosmos, die Zwillings-priestesses von Mothra, erscheinen telepathisch bei Miki Saegusa und warnen sie vor dem bevorstehenden SpaceGodzilla. M.O.G.U.E.R.A. (Mobile Operations G-Force Universal Expert Robot: Aero-Typ), eine Mecha, die von der JSDF gebaut wurde, um Mechagodzilla zu ersetzen, wird entsandt, SpaceGodzilla abzufangen, erleidet jedoch Schäden. SpaceGodzilla landet auf Birth Island und greift Gottes Nachwuchs, Little Godzilla, an. Godzilla greift ein, wird aber von SpaceGodzilla überwältigt und ist machtlos, dessen Klon Little Godzilla in einem Kristallgefängnis zu fassen. SpaceGodzilla verlässt Japan, während Godzilla hinterherjagt. Kurz darauf entführt die Yakuza Miki und bringt sie zu ihrer Basis in Fukuoka, um zu versuchen, mit ihren psychischen Fähigkeiten Kontrolle über Godzilla zu erlangen. Miki wird von einem Rettungsteam gerettet, bevor SpaceGodzilla eintrifft. SpaceGodzilla landet in der Innenstadt von Fukuoka und formt eine massive Festung aus himmlischen Kristallen. M.O.G.U.E.R.A. kommt erneut, SpaceGodzilla zu bekämpfen, aber es ist immer noch keine Chance gegen ihn. Godzilla kommt in Kagoshima Bay an und kämpft SpaceGodzilla, doch SpaceGodzilla hat die Oberhand. Die JSDF entdeckt, dass SpaceGodzilla den Fujiyama-Turm als Energieumwandler benutzt, ihn nutzt, um den Erdkern in eine Energie zu verwandeln, die SpaceGodzilla absorbieren kann, und so den Planeten langsam tötet. Während Godzilla mit SpaceGodzilla ringt, teilt sich M.O.G.E.R.A. in zwei verschiedene Mechas: die Star Falcon, ein fliegendes Schlachtschiff, und die Land M.O.G.U.E.R.A., ein Panzer mit einem großen Bohrer davor. Die Mechas beschädigen die Kristallfestung, während Godzilla den Fujiyama-Turm umstößt und SpaceGodzillas Energiezufuhr unterbricht. M.O.G.U.E.R.A. formt sich schnell neu und schleudert SpaceGodzillas kristallartige Schulterformationen ab und schwächt es. SpaceGodzilla schädigt M.O.G.U.E.R.A. schwer, wird aber später von Godzillas superaufgeladenem atomares Heizstrahl vernichtet. Godzilla kehrt nach Birth Island zurück, nachdem Miki ihre telepathischen Kräfte einsetzt, um die Gedankenkontrollvorrichtung aus seinem Hals zu entfernen. Little Godzilla wird daraufhin aus dem Kristallgefängnis befreit und beginnt, winzige radioaktive Bläschen zu blasen.