Geboren in den Flammen der Hölle und als Kleinkind auf die Erde gebracht, um Böses zu vollbringen, wurde Hellboy von den wohlwollenden Dr. Broom vor finsteren Kräften gerettet, der ihn zu einem Helden erzog. In Dr. Brooms geheime Bureau for Paranormal Research and Defense schafft Hellboy eine unwahrscheinliche Familie, bestehend aus dem telepathischen „Mer-Man“ Abe Sapien und Liz Sherman, der Frau, die er liebt und die Feuer kontrollieren kann. Versteckt vor der Gesellschaft, die sie schützen, stehen sie an der vordersten Verteidigungslinie gegen einen bösen Wahnsinnigen, der versucht, Hellboy zurück auf die dunkle Seite zu holen und seine Kräfte zu nutzen, um die Menschheit zu zerstören.