Alex the Lion, Marty the Zebra, Melman the Giraffe, and Gloria the Hippo are friends who have lived their entire lives in New York’s Central Park Zoo. When Marty escapes from the zoo to explore the outside world, Alex, Melman, and Gloria attempt to rescue him, only for all four animals and a group of penguins to be captured and sent on a boat to Africa. However, said boat is hijacked by the penguins to go to Antarctica, leading the zoo animals to end up shipwrecked on the island of Madagascar, where they must adapt to their newfound surroundings. Alex the Lion, Marty the Zebra, Melman the Giraffe, und Gloria the Hippo sind Freunde, die ihr ganzes Leben im Central Park Zoo von New York verbracht haben. Als Marty aus dem Zoo ausbricht, um die Außenwelt zu erkunden, versuchen Alex, Melman und Gloria ihn zu retten, doch alle vier Tiere und eine Gruppe Pinguine werden gefangen genommen und auf ein Boot nach Afrika geschickt. Allerdings wird dieses Boot von den Pinguinen gekapert, um in die Antarktis zu gelangen, was dazu führt, dass die Zoo-Tiere auf der Insel Madagaskar strandeten, wo sie sich an ihre neue Umgebung anpassen müssen.