Nachdem er aus dem Meer gezogen wird, zwei Kugeln in seinem Rücken steckend, erwacht Jason Bourne auf einem Fischerboot ohne Erinnerungen an seine Beteiligung an einer Top-Secret, Black-Ops-Arm der CIA namens Treadstone. Während er sich bemüht, seine Erinnerung wiederzuerlangen, nennen ihn seine ehemaligen Auftraggeber einen abtrünnigen Agenten und setzen ihn der Eliminierung aus. Bourne entdeckt später erneut seine außergewöhnlichen Überlebensfähigkeiten, einschließlich Nahkampf, Kampfkünste und mehrere Sprachen, und beginnt zu verstehen, wer er wirklich ist.