Als seine Geliebte ermordet wird und er fälschlicherweise des Mordes an einem Kollegen-Agenten beschuldigt wird, muss sich Jason Bourne erneut auf die Flucht begeben. Doch je näher er den Mördern seiner Freundin kommt, desto stärker wird ihm klar, dass seine früheren Betreuer wieder auf der Spur sind. Nachdem seine Fingerabdrücke am Tatort eines Mordes in Berlin gefunden wurden, wird ein ehrgeiziger CIA-Beamter entschlossen, ihn endgültig aufzuhalten. Von lähmenden fragmentierten Erinnerungen geplagt, während er sich durch das Labyrinth internationaler Spionage navigiert, muss Bourne geniale Täuschung, geschickte Manöver und rohe Kraft einsetzen, um zu überleben.