Im Japan der 1870er Jahre spielt The Last Samurai die Geschichte von Capt. Nathan Algren, einem angesehenen amerikanischen Militärangehörigen, der vom Kaiser von Japan beauftragt wird, die erste Armee des Landes in der Kunst moderner Kriegsführung auszubilden. Als der Kaiser versucht, die alten kaiserlichen Samurai-Krieger im Vorfeld einer stärker westernisierten und handelspolitisch freundlichen Regierungspolitik auszurotten, wird Algren unerwartet von seinen Begegnungen mit den Samurai beeindruckt und beeinflusst, was ihn in den Mittelpunkt eines Konflikts zwischen zwei Zeitaltern und zwei Welten stellt, wobei nur sein eigener Ehrenkodex ihm den Weg weist.