Im 23. Jahrhundert droht eine rätselhafte Alienmacht die Erde, indem sie die Ozeane verdunstet und die Atmosphäre zerstört. In einem verzweifelten Versuch, die Menschheit zu retten, müssen Kirk, inzwischen ein Rebell, und seine Crew in der Zeit zurückreisen, um die Erde und ihre Bevölkerung vor der völligen Zerstörung zu bewahren.