Neo, Morpheus, Trinity und der Rest ihrer Crew kämpfen weiter gegen die Maschinen, die die Menschheit im Matrix versklavt haben. Jetzt wachen mehr Menschen aus der Matrix auf und versuchen, in der realen Welt zu leben. Mit wachsender Zahl verlagert sich der Kampf nach Zion, die letzte reale Stadt und Zentrum des menschlichen Widerstands.