Godzilla: Tokyo S.O.S: Vuonna 2004 Kiryu on saamassa korjausmodifikaatioita taistelun Godzillaa vastaan vuotta aiemmin jälkeen. Pääministeri Hayato Igarashi hyväksyy pää­tutkija Yoshito Chujo’n valinnan korvata Absolute Zero Cannon voimakkaalla Tri-Maserilla. Shobijin (Mothran kaksosorvot) varoittavat japanilaishallitusta, että Godzilla palaa Japanin alueelle yhä uudelleen, koska Kiryuun käytettyjen alkuperäisien Godzillan luiden vuoksi. Jos luidet palautetaan merenpohjaan, Mothra ottaisi mielellään Kiryu’n paikan Japanin puolustamisessa, mutta jos ne jätetään, Mothra julistaa sodan ihmisille. Aivan pian Kamoebas, valtava mata-mata -kilpikonna, löytyy haaksirikkoutuneena japanilaiselta rannalta. Kirjo on todettu kuolettavien haavoitusten perusteella Kamoebasin kaulalla, että Godzilla surmasi sen. Godzilla ja Mothra taistelevat, mutta Godzilla näyttää saavan etulyöntiaseman. Korjaukset valmistuvat juuri ajoissa, ja Kiryu saa tasan tilanteen, mutta Godzilla saa silti iskeä sekä Kiryu’n että Mothra’n lumipyissä. Sillä välin Infant Islandilla kaksosia Mothra-larvat munivat Mothra’n munasta ja rientävät auttamaan äitiään. Kun Kiryu altistuu korjauksille uudelleen, larvat yrittävät pitää Godzillan loitolla, mutta Mothra uhrautuu lentäessään Godzillan atomi-avecin tielle, pelastaen larvat. Juuri ajoissa Yoshito ja ihmiset korjaavat Kiryu’n, joka ruiskuttaa Godzillan rintaa porakoneella, aiheuttaen Godzillalle verenvuotoa ja tuskaa. Larvat alkavat sitoa Godzillaa silkkilangalla. Heti kun Kiryu’n pilotti Azusa Kisaragi saa Igarashin käskyn tuhota Godzilla ennen Kiryu-projektin lakkauttamista, Kiryu’n sielu herää uudestaan Godzillan laulun kautta. Kyborgi nostaa Godzillan ja pitää otteen köysillä. Kiryu käyttää sitten boosterinsa kantaakseen itsensä ja Godzillan merenpohjaan. Elokuvan jälkikaraivissa esiintyy piilotettu paikka, laboratorio, täynnä astioita, jotka sisältävät monien Toho-kaijuiden DNA:ta. Japani-kielisessä versiossa kertoja ilmoittaa, että "bio-formaatio" -kokeilu, joka koskee "eks­toottista kohdetta", on alkua, vihjaillen, että JXSDF suunnittelee toisen meka tai kaiju-pohjaisen superaseen luomista, mikä voisi tarkoittaa, että Godzilla tai jokin toinen monsters voisi ilmestyä uudelleen. Japaninkielisessä versiossa Godzilla ja Kiryu nähdään vielä kerran ja karjuvat laskeutuessaan mereen. Godzilla Final Wars: Vuodet sen jälkeen, kun Tokyo iskettiin alun perin vuonna 1954, Godzilla on jäätynyt ikiroudan alle Antarktiksella alkuperäisen Gotengo’n kanssa käydyn taistelun jälkeen. Myöhemminä vuosina ympäristökatastrofien ansiosta ilmestyy jättimäisiä hirviöitä ja superihmisiä, kutsuttuja "mutantti", jotka kutsutaan Earth Defense Forcen (EDF) riveihin taisteluun hirviöitä vastaan. Päivitetty Gotengo, joka komentaa Kapteeni Gordon, taistelee ja tuhoaa Manda:n, mutta laiva vaurioituu matkalla ja sen kapteeni Douglas Gordon on EDF:n epäkunnossa. Muunneltu sotilas Shinichi Ozaki vastaa YK:n biologia Dr. Miyuki Otonashin suojelemisesta ja hänet lähetetään tutkimaan mumifioitunutta hirviötä. Heidät siirretään Infant Islandille, missä he kohtaavat Shobijin, Mothra’n keijut, jotka paljastavat mumifioidun hirviön olevan Gigan, avaruusolentojen robotti, lähetetty tuhoamaan Maapallo ja joka lopulta kukistetaan Mothra’n toimesta. He varoittavat, että hyvän ja pahan välinen taistelu tapahtuu pian, ja Ozaki:n on valittava puoli. Jättihirviöt alkavat hyökätä useisiin suurkaupunkeihin. EDF syöksyy olentoja vastaan, jotka salaperäisesti häviävät saman hetken aikana, kun avaruusolentojen alus saapuu Tokioon. Avaruusolennot, nimeltä Xiliens, varoittavat, että lähestyvä planeetta nimeltä "Gorath" iskee Maapallolle pian. Maapallon ja Xiliensin välinen rauhansopimus allekirjoitetaan. Sillä välin Minilla, Godzillan poika, löytyy metsästä erään pojan ja hänen isoisänsä luota. Epäillen Xiliensien motiiveja, Ozaki, Miyuki ja hänen sisarensa Anna löytävät, että Gorath, jonka he näkivät, on käytännössä hologrammi ja että avaruusoliot ovat korvanneet EDF:stä useita jäseniä kaksoisolentoihin. Kun heidän lajinsa paljastuu, joka tappaa esimiehisensä ottaakseen komentonsa, Xilien ohjain X paljastaa aikomuksensa käyttää ihmisiä ravinnoksi samalla kun hallitsee kaikkia mutanteja paitsi Ozaki. X:llä on myös olennot käsissä ja hän herättää Giganin pitämään EDF:n kurissa. Ryhmä pakenee, Gigan heidän perässään, Gordon saa heidät matkustamaan Antarktikseen vapauttamaan Godzilla, joka helposti tuhoaa Giganin. Gotengo ohjaa Godzillan taisteluun muiden hirviöiden kanssa ja palaa Tokioon osoittamaan Xiliensille. Murskaamalla emonaluslaivan ja pääsemällä X:iin, hän on kutsunut Gorathin Maahan. Vaikka Godzilla tuhoaa Gorathin ennen kuin se törmää, se vapauttaa Monster X:n ja kaksi hirviötä taistelee. Päivitetty Gigan auttaa Monster X:ää, mutta Mothra estää sen pääsemästä hänen kimppuunsa ja onnistuu tuhoamaan kyborgin. Xilien laivassa, kun taistelu syntyy ja ihmisen hallinta ei onnistu Shobijinien siunauksen vuoksi, X paljastaa, että sekä hän että Ozaki ovat ylivertaisia olentoja, joita kutsutaan "Keizer"iksi. X on kuolettavasti haavoittunut, mutta hän laukoo laivan omatoimista tuhoutumista, kun ryhmä vetäytyy Gotengo’hin vain hetkeä ennen emonaluslaivan räjähtämistä. Godzilla ja Monster X jatkavat taistelua, kun jälkimmäinen muuntautuu todelliseen muotoonsa, Keizer Ghidorah. Keizer Ghidorah saa alun etulyöntiaseman, mutta Godzilla nousee lopulta voittajana. Minilla ilmestyy paikan päälle ja onnistuu järkyttämään Godzillan, jotta Gotengo ei tuhoudu. Selviytyjät katsovat Godzillan ja Minillan palaavan mereen.