Godzilla Vs. Destroyah Godzilla, sen vartalo palamatta, piirittää Hongkongin. On ilmiselvää, että Monsterien kuninkaan on oltava romahduksen partaalla. Jos Godzilla saavuttaa kriittisen lämpötilan, seurauksena syntyvä räjähdys tunkeutuu suoraan maapallon ytimeen ja aiheuttaa katalyytteja. Sillä välin salaperäinen, ryntäilevän rapu-olentoihin verrattavarot ovat havaittavissa koko Japanissa. Äskettäin on tehty tutkimuksia prosessista nimeltä Micro Oxygen, tapa lisätä jonkin kokoa mahdollisena ratkaisuna ruoka-ainesten puutteiden helpottamiseen. Kuitenkin tämä uusi olento näyttää omaavan vanhemman historian, syntynyt The Oxygen Destroyeristä, joka tappoi alkuperäisen Godzillan vuonna 1954. Godzilla vs. Megaguirus: Vuonna 1954 Godzilla ilmestyy ensimmäisen kerran ja hyökkää Tokioon, sytyttäen kaupungin liekkeihin. Japani rakentaa uudelleen, mutta vuonna 1966 herättää Godzillan uudelleen perustamalla ydinvoimalaitoksen. Olento hyökkää Tokain kimpuun, tuhoten laitoksen. Maa pyrkii välttämään ydinenergian, mutta ei pysty pitämymään voimaan. Vuonna 1996 tehdään mullistava löytö uudesta energialähteestä: plasmajännitys. Valitettavasti tämäkin herättää Monsterien kuninkaan, joka hyökkää Osaka ja teknologian säilyttämää rakennusta vastaan. Sivullisena tuhoutumana Kiriko Tsujimorin komentaja kuolee, aiheuttaen vihaa ja koston hänen ja Godzillan välillä. Viisi vuotta myöhemmin G-Graspers, ryhmä jonka tehtävänä on käsitellä Godzillaa, alkaa testata uutta asetta: Dimension Tide, joka luo pienoiskohdin. He toivovat, että tämän avulla he lopulta tappaisivat Godzillan. Kokeet herättävät kuitenkin toisen, muinaisen pahan…