Team G.I. Joe ei taistele vain henkensä puolesta, vaan olemassaolonsa puolesta. Valtakunnan lainsuojia vastaan syyllistyttyinä rikoksiin heidät pakotetaan pysäyttämään toiminta presidentin määräyksellä. Selviytyneet tiimin jäsenet kohtaavat Zartanin, Cobran ja heidän vaikutusvallassaan olevat maailman johtajat!