Godzilla vs. King Ghidorah: Asetettu vuodelle 1992, science fiction -kirjailija Kenichiro Terasawa (Kosuke Toyohara) kirjoittaa kirjaa Godzillasta ja saa tietää Lagos-saarella teljetyistä japanilaisista sotilaista Gilbertin ja Marshallinsaarten kampanjan aikana. Helmikuussa 1944, kun amerikkalaiset sotilaat uhkaavat, saavat japanilaiset sotilaatan turvaa salaperäiseltä dinosaurukselta. Hän teoretisoi, että dinosauruksesta tuli myöhemmin mutatoituneena Godzilla vuonna 1954 puolustusaseen ydinpommitesta saaren lähistöllä. Yasuaki Shindo (Yoshio Tsuchiya), Lagos-saarella Japanin sotilaiden komentajina toiminut rikas liikemies, vahvistaa dinosauruksen todellakin olemassaolon. Sillä välin UFO laskeutuu Fujiin. Kun japanilaiset armeijat tutkivat, heille toivotetaan tervetulleiksi Wilson (Chuck Wilson), Grenchiko (Richard Berger), Emmy Kano (Anna Nakagawa) ja androidi M-11 (Robert Scott Field). Vieraat, tunnetaan nimellä "Futurians", selittävät olevansa ihmisiä vuodesta 2204, jossa Godzilla on täysin tuhoututtanut Japanin. Futurianit aikovat matkustaa takaisin ajassa vuoteen 1944 poistaakseen dinosauruksen Lagos-saarelta ennen 1954 tapahtuvaa säteilytystä, jolloin vältytäisiin olennon mutaatiolta Godzillaksi. Todisteena tarinastaan Emmy esittelee kappaleen Terasawan kirjasta, jota ei ole vielä saatettu valmiiksi nykyhetkessä. Futurianit, Terasawa, Miki Saegusa (Megumi Odaka) ja professori Mazaki (Katsuhiko Sasaki) nousevat aikaväylälaivaan ja matkustavat takaisin vuoteen 1944 Lagos-saarelle. Siellä, kun amerikkalaiset joukot maihinnousussa ja taistelevat Shindon komentamia japanilaisia vastaan, dinosaurus hyökkää ja tappaa amerikkalaiset sotilaat. Amerikan laivasto hyökkää dinosaurusta vastaan merestä ja vakavasti haavoittaa sitä. Kun Shindo ja hänen miehensä lähtevät saarelta, M-11 teleporttaa dinosauruksen Lagos-saarelta Beringinsalmen tienoille. Ennen palaamistaan vuoteen 1992 Futurianit salaa jättävät kolme pientä olentoa, Dorats-nimisiä, Lagos-saarelle, jotka altistuvat 1954 ydinpommitestille ja sulautuvat muodostaen King Ghidorahin, joka sitten ilmestyy nyky-Japaniin. Palaaessaan 1992 Futurianit käyttävät King Ghidorahia alistamaan Japanin. He esittävät uhan, mutta Japani kieltäytyy antautumasta. Koska Emmy tuntee myötätuntoa japanilaisia kohtaan, hän paljastaa Terasawanille Futuriansin tehtävän totuuden: tulevaisuudessa Japani on taloudellinen supervalta, joka on ohittanut Yhdysvallat, Venäjän ja Kiinan. Futurianit matkustivat takaisin ajassa muuttaakseen historiaa ja estääkseen Japanin tulevan taloudellisen hallitsevan aseman luomalla King Ghidorahin ja käyttämällä sitä tuhoamaan nyky-Japani. Samaan aikaan he myös suunnittelivat poistaa Godzillan historiasta, jotta se ei uhkaisi heidän suunnitelmiaan. M-11 tuo Emmyn takaisin UFO:hun, ja hän ohjelmoi androidin uudelleen, jotta se auttaisi häntä. M-11:n ja Terasawanin avun avulla Emmy sabotoi UFO:n hallinnan King Ghidorahiin. Samaan aikaan Shindo aikoo käyttää ydinalustettaan luodakseen Godzillan uudelleen. Beringinsalmen reitille Shindon submarini hävitetään jo mutatoituneen Godzillan toimesta, joka imee sen säteilyä ja muuttuu vielä suuremmaksi ja voimakkaammaksi. Terasawa löytää, että venäläinen ydinsukellusvene upposi Beringinsalmessa 1970-luvulla ja vapautti tarpeeksi säteilyä mutatoidakseen dinosauruksen Godzillaksi. Godzilla saapuu Japaniin ja kohtaa King Ghidorahin. Ne taistelevat samalla voimalla, kukin sietäen toistensa hyökkäykset. Godzilla lopulta päättää taiston ampumalla Ghidorahin keskimmäistä päätä. Ennen lopullista iskua Godzilla tuhoaa UFO:n, surmaten Wilsonin ja Grenchikon. Godzilla siirtää huomionsa Tokioon, tuhoten suurkaupungin ja tappamalla Shindon. Emmy matkustaa tulevaisuuteen M-11:n kanssa ja palaa nykyhetkeen Mecha-King Ghidorahilla, King Ghidorahin kyberneettisenä versiona. Kyberneettinen Ghidorah iskee Godzillaa energiamäiskeillä, jotka osoittautuvat tehotomiksi. Godzilla vastaa raa’asti ampumalla Ghidorahia atomisäteilynsä kanssa, joka melkein katkaisee Ghidorahin pään. Ghidorah selviää, mutta Godzilla voittaa lopulta, työnnellen Ghidorahia maahan. Emmy kantaa Godzillaa ja pudottaa sen sekä Ghidorahin mereen. Emmy palaa sitten tulevaisuuteen, mutta ei ennen kuin kertoo Terasawalle, että hän on hänen jälkeläisensä. Meren pohjassa Godzilla herää ja karjuu Ghidorahin jäännösten päällä ennen kuin ui pois. Godzilla ja Mothra: Maapallon puolustus Taistelu Setti keskellä vuotta 1992, seuraa edellisteoksen tapahtumia (Godzilla vs. King Ghidorah), kun meteoroidi osuu Ogasawara-ojanäkeeseen ja herättää Godzillan. Kuuden kuukauden kuluttua tutkija Takuya Fujito pidätetään varkauden jälkeen vanhasta esineestä. Myöhemmin Japanin pääministerin edustaja ehdottaa syyttämien poistamista, jos hän tutkii Infant Islandin lapsellisen eronsa Masako Tezuka ja Kenji Ando, ahneen Marutomo-yrityksen sihteerin, kanssa. Kolmikko saapuu saarelle ja löytää luolan, jossa esiintyy kaksi jätti-ihmisten muotojen taistelu. Lisätutkimuksilla he löytävät suurikokoisen munan ja parin pienikokoista humanoidia nimeltä Cosmos, jotka tunnistavat munan Mothralle kuuluvaksi. Cosmosit kertovat muinaisen sivilisaation tarinan, joka yritti hallita Maan ilmastoa, mikä sai Maan luovuttamaan Battran, joka tuli hallitsemattomaksi ja vahingoitti planeettaa, jonka se loi. Mothra, toinen maapallon suojelija, taisteli apokalyptista taistelua Battran kanssa, joka lopulta hävisi. Cosmosit selittävät, miten meteoroidi paljasti Mothran munan ja saattoi mahdollisesti herättää Battran, joka on yhä katkera ihmiskunnan sekaantumisesta Maapallon luonnolliseen järjestykseen. Marutomo-yritys lähettää kuljetusaluksen Infant Islandille munan poimimiseksi, väittäen turvatakseen sen. Heidän purjehtiessaan Godzilla nousee pintaan ja suuntaa kohti vastanukkumaan noussutta Mothra-larvaa. Battra, joka on myös larva, ilmestyy pian ja liittyy taisteluun, antaen Mothralle mahdollisuuden perääntyä. Taistelu Godzillan ja Battran välillä siirtyy lopulta vedenalaiseksi, missä taistelun voima aiheuttaa valtavan halkeaman meren pohjaan, jolloin molemmat hukkuvat. Masako ja Takuya paljastavat myöhemmin Andon todelliset aikomukset, kun hän kidnappaa Cosmosin ja vie heidät Marutomo-päämajaan, missä toimitusjohtaja aikoo käyttää heitä julkisuustarkoituksiin. Mothra yrittää pelastaa Cosmosin Tokioon, mutta JSDF hyökkää. Vahingoittunut Mothra suuntaa Diet-tornin rakennusalueelle ja alkaa rakentaa koteloa itselleen. Sillä välin Godzilla nousee Fuji-vuorelta. Sekä Mothra että Battra saavuttavat imago-muotonsa ja yhdistyvät Yokohama Cosmo Worldissa. Godzilla keskeyttää taistelun ja hyökkää Battraa vastaan. Kaksi molttia päättää yhdistää voimansa Godzillaa vastaan. Lopulta Mothra ja Battra ylivoima Godzillan ja kantavat sen meren ylle. Godzilla purraan Battran kaulaa ja suuntaa atomisellä henkäyksellään haavaa, joka tappaa Battran. Väsynyt Mothra pudottaa Godzillan ja kuolleen Battran veteen alle, salaten Godzillan veden alle loitsumaisten suojelusmerkien avulla. Aamulla Cosmos selittävät, että Battra oli odottanut monia vuosia tuhotakseen vielä suuremman meteoroidin, joka uhkisi Maata vuonna 1999. Mothra oli luvannut pysäyttävänsä tulevan törmäyksen, jos Battra kuolisi, ja hän sekä Cosmos jättävät Maan ihmisille hyvästellä.