Godzilla vs. MechaGodzilla II: Vuonna 1992 Yhdistyneet Kansakunnat perustavat United Nations Godzilla Countermeasures Centerin (UNGCC) pysäyttääkseen Godzillan. Mecha-King Ghidorahin mekaaninen keskihius salvataan UNGCC:n sotilasosaston, nimeltä G-Force, toimesta ja käännetään vastalääkkeeksi kahdelle Godzillaa vastaan suunnatulle koneelle: ensimmäinen on taivaallinen tykkijuna nimeltä Garuda ja Godzillaa mukaileva mecha nimeltä Mechagodzilla. Kahden vuoden kuluttua, matkalla Adona-saarelle Beringinmerellä, japanilainen tiimi löytää suuren Pteranodon- sekä munan. muna antaa telepaattisen signaalin, joka houkuttelee Godzillan ja Rodanin, radioaktiivisesti säteillyn aikuisen Pteranodonin. Godzilla jättää Rodanin haavoihin vakavan haavoittuneen kohdassa taistelun jälkeen, kun tutkimustiimi pakenee munan kanssa. Munat viedään tutkakeskukseen Kiotoon, jossa se ottaa ensinnä kiinni nuoreen naispuoliseen tiedemieheen. Kun Baby Godzilla kuoriutuu munasta, tutkimustiimi päättelee, että muna oli jätetty Pteranodon pesälle Rodanin rinnalle, kuten eurooppalaisten kuikeiden pesäparasitminä. Godzilla saapuu Japaniin, vastaten jälleen olennon psyykkiselle kutsulle. JSDF mobilisoi Mechagodzillan, joka pysäyttää Godzillan matkalla Kiotoon. Kaksi taistelua, ja Mechagodzilla vaikuttaa saavan etulyöntiaseman, kunnes Godzilla pysäyttää Mechagodzillan energia-aallolla. Godzilla jatkaa Babyn etsimistä, mutta tiedemiehet, jotka ovat löytäneet telepaattisen yhteyden monsterien välillä, suojellaBabyä Godzillalta. Turhautuneena Godzilla tuhota suurimman osan Kiotosta ennen kuin palaa mereen. Kokeet babyn päällä paljastavat, että sillä on toinen aivolohko lanteissaan, joka säätelee eläimen liikkeitä. UNGCC olettaa tämän pitävän paikkaansa myös Godzillalle ja päättää käyttää Babyä houkutellakseen Godzillan taisteluun Mechagodzillaa vastaan. "G-Crusher" asennetaan Mechagodzillan ranteisiin, jolloin robotti voi tunkeutua Godzillan nahkaan ja lamauttaa hirviön tuhoamalla toisen aivon. Miki Saegusa, nuori psyykkinen kykenevä, määrätään tulemaan osaksi Mechagodzillan miehistöä ja löytämään Godzillan selkäytimeen. Hän suostuu tehtävään huolimatta siitä, että hänellä on aiemmin ollut psyykkinen yhteys Godzillaan (määritelty Godzilla vs. Biollante -elokuvassa), mutta noudattaa käskyjä. Suunnitelma kääntyy nurin, kun Rodan, joka on selvinnyt taistelusta Godzillaa vastaan ja jonka radiaatio on entisestään mutatoitunut, vastaa Babyn kutsuun ja pysäyttää UNGCC:n kuljetuksen. UNGCC:n on pakko lähettää Mechagodzilla ja Garuda Rodania vastaan, ja seuraavassa taistelussa Rodan saa vakavia vammoja. Godzilla ilmestyy hetkeä myöhemmin ja hyökkää Mechagodzillaa vastaan. Kun kahdella vaikuttaa olevan tasavahvat voimat, Mechagodzilla liittoutuu Garudan kanssa. Päivittynyt Mechagodzilla, nimeltään Super-Mechagodzilla, toteuttaa G-Crusher-suunnitelman ja onnistuu lamauttamaan Godzillan. Yhtäkkiä kuoleva Rodan, joka on Babyn kutsun uudelleen elvytetty, alkaa lentää kohti Babyä, mutta Mechagodzilla ampuu sen alas ja törmää Godzillan päälle. Rodanin elämänvoima uudelleen kasvattaa Godzillan toisen aivolohkon ja tehostaa sitä. Nyt vastustamattomampana kuin ennen, Godzilla iskee ja tuhoaa Super-Mechagodzillan suurella voimalla punaista spiraaliaatomin säteellä. Godzilla lopulta löytää Babyn, joka aluksi pelkää jättihirviötä. Miki telepaattisesti kommunikoi Babyn kanssa ja vakuuttaa sen seuralaisena Godzillaa vastaan. Kaksi monsteria suuntaavat mereen. Godzilla vs. SpaceGodzilla: Godzillan solut viedään avaruuteen Biollanten ja Mothran toimesta, ja altistetaan voimakkaalle säteilylle mustan aukon vaikutuksesta, mikä johtaa "SpaceGodzilla" -olennon syntymään, joka nopeasti matkustaa Maapallolle ja tuhoaa NASA:n avaruusasemaa pitkin. Samaan aikaan Yhdistyneiden Kansakuntien Godzilla Countermeasures Centerin jäsenet saapuvat Birth Islandille levittääkseen mielentämölaitteen Godzillaa varten. Cosmos, Mothran kaksoistädin papittaret, ilmestyvät telepaattisesti Miki Saegusalle ja varoittavat SpaceGodzilla:n saapumisesta. M.O.G.U.E.R.A. (Mobile Operations G-Force Universal Expert Robot: Aero-type), JSDF:n rakentama mecha korvaamaan Mechagodzillan, lähetetään SpaceGodzillaa vastaan, mutta se kärsii vaurioita prosessin aikana. SpaceGodzilla laskeutuu Birth Islandille ja hyökkää Godzillan jälkeläistä, Little Godzillaa vastaan. Godzilla väliintyy, mutta kokee olevansa ylivoimainen SpaceGodzillaa vastaan eikä pysty pysäyttämään sen kopiota, joka sulkee Little Godzillan kristalliseen vankilaan. SpaceGodzilla lähtee Japaniin, Godzillaa jäljittäen. Heti tämän jälkeen Yamamotojen Miki siepataan ja viedään heidän tukikohtaansa Fukuokassa yrityksenä käyttää hänen psyykkisiä kykyjään hallitakseen Godzillaa. Miki pelastuu pelastusjoukon toimesta ennen SpaceGodzilla:n saapumista. SpaceGodzilla laskeutuu keskeiseen Fukuokaan ja muuttaa valtavaksi linnakkeeksi taivaallisista kristalleista. M.O.G.U.E.R.A. saapuu jälleen taistelemaan SpaceGodzillaa vastaan, mutta ei vieläkään pärjää sille. Godzilla saapuu Kagoshiman lahteen ja taistelee SpaceGodzillaa vastaan, mutta SpaceGodzilla vie helposti ylivallan. JSDF:n tutkimukset paljastavat, että SpaceGodzilla käyttää Fukuokan Tornia virtalähteen muuntamiseen, muuntaen Maan ytimen energiaksi, jota SpaceGodzilla voi imeä, tappamalla planeetan hitaasti. Sillä välin Godzilla kamppailee SpaceGodzillaa vastaan, M.O.G.E.R.A. jakautuu kahdeksi eri mecha: Star Falcon, lentävä taistelulaiva, ja Land M.O.G.U.E.R.A., tankeja suurella poralla sen edessä. Mechat vahingoittavat kristallisen fortressin, kun Godzilla sysää Fukuokan Tornin, katkaisten SpaceGodzilla:n energianlähteen. M.O.G.U.E.R.A. muotoutuu nopeasti uudelleen ja ampuu SpaceGodzilla:n kristallimaisista olkapäätmuodostumista, heikentäen sitä. SpaceGodzilla vahingoittaa syvästi M.O.G.U.E.R.A.:a, mutta se poltetaan myöhemmin Godzillan super-energiaviritettyllä atomin kuumalla säteellä. Godzilla palaa Birth Islandille, kun Miki käyttää psyykkisiä voimiaan poistaakseen mieli-kontrollilaitteen kaulastaan. Little Godzilla vapautuu kristallivankilasta ja alkaa puhaltaa pieniä radioaktiivisia kuplia.