Syntynyt helvetin liekeissä ja tuotu Maahan vastasyntyneenä pahantekoon, Hellboy pelastettiin pahan voimilta ystävällisen Dr. Broomin avulla, joka kasvatti hänestä sankarin. Dr. Broomin salaiseen Paranormal Research and Defense - toimistoon Hellboy luo epätyypillisen perheen, johon kuuluvat telepaattinen "Mer-Man" Abe Sapien ja Liz Sherman, nainen jonka hän rakastaa ja joka osaa hallita tulta. Piilossa siitä yhteiskunnalta, jota he suojaavat, he seisovat avaimena puolustukseen pahan hulluja vastaan, joka tavoittelee Hellboyn palauttamista pimeälle puolelle ja hänen voimien käyttämistä ihmiskunnan tuhoamiseen.