Syytettynä Kremliä vastaan tehdyllä terrorihyökkäyksellä IMF:n toimija Ethan Huntin uskottavuus menetetään yhdessä koko viraston kanssa, kun presidentti aloittaa "Ghost Protocolin". Ilman resursseja tai tukea Ethanin on löydettävä keino puhdistaa viraston nimi ja estää toinen hyökkäys. Monimutkaistaessaan tilannetta vielä enemmän Ethan joutuu aloittamaan tehtävän muiden IMF:n pakolaisten kanssa, joiden henkilökohtaiset motivaatiot eivät ole hänelle täysin tiedossa.