Kun hänet on vedetty merestä takaisin kahden luodin kanssa selässään, Jason Bourne herää kalastusaluksella ilman muistia osallistumisestaan CIA:n salaiseen mustan operaation osastoon nimeltä Treadstone. Kun hän kamppailee muistinsa palauttamiseksi, entiset työnantajat kutsuvat hänet kapinalliseksi agentiksi ja asettavat hänet lopetettavaksi. Bourne löytää myöhemmin uudelleen uskomattomat selviytymistaitonsa, mukaan lukien lähitaistelu, kamppailulajit sekä useat kielet, ja alkaa ymmärtää, keitä hän todella on.