Kun rakastettunsa murhataan ja hänelle syydetään toinen agentti, Jason Bourne joutuu jälleen pakenemaan. Mutta kun hän lähestyy girlfriendin tappajien kättään, hän tajuaa entisten hoitajien olevan taas hänen perässään. Tapahtuu murha Berliinissä, jolloin hänen sormenjälkensä löytyvät; kunnianhimoinen CIA-viranomainen päättää estää hänet lopullisesti. Lamauttavien, murtuneiden muistojen vaivaamana ja seuratessaan kansainvälisen vakoilun sokkeloita Bourne on pakotettu keksimään, liikkumaan ja käyttämään voimiaan selviytyäkseen.