"Admiral" James T. Kirk suhtautuu vastahakoisesti kadettikurssin risteilyyn uudelleen nimettyyn Starfleet Academy -harjoitusotstarjaan, USS Enterpriseen. Sitten hänen maailmansa kääntyy päälaelleen, kun hän törmää vanhaan viholliseensa – Khan Noonien Singh! Viisitoista kiduttavaa vuotta jätettynä paikoilleen planeetalla Ceti Alpha V, Khan ja hänen seuraajansa ovat paenneet sieppaamalla tähtilaivaa. Vielä pahempaa, Khan on löytännyt suunnitelmat planeetan uudelleenmuotoilun “Genesis Device” -kokeiluun. Etenemässä olevassa taistelussa molemmat tähtilaivat joudutaan raunioksi. Kuitenkin Khan onnistuu paikantamaan ja varastamaan laitteen käyttääkseen sitä aseena. heidän kissainen ja hiirellinen pelinsä muuttuu lopulta kummallekin alukselle kuolettavaksi. Kostonhimoinen Khan on valmis uhraamaan kaiken. Kirk ei ole, ja hän yrittää epätoivoisesti pelastaa isäntänsä aluksen. Fataalinen ratkaisu maksaa hänelle enemmän kuin hän on koskaan ennen joutunut maksamaan, hänen ystävänsä!