Neo, Morpheus, Trinity ja heidän muu henkilöstönsä jatkavat taistelua koneita vastaan, jotka ovat orjuuttaneet ihmiskunnan Matrixissa. Nyt yhä enemmän ihmisiä herää matriksista ja yrittää elää todellisessa maailmassa. Kun heitä on enemmän, taistelu siirtyy Zioniin, viimeiseen todellisen maailman kaupunkiin ja ihmiskunnan vastarinnan keskukseen.