Godzilla: Tokyo S.O.S: Nel 2004, Kiryu è sottoposto a modifiche di riparazione dopo la battaglia con Godzilla un anno prima. Il Primo Ministro Hayato Igarashi accetta la scelta del Capo Scienziato Yoshito Chujo di sostituire la Absolute Zero Cannon con un potente Tri-Maser. Le Shobijin (i gemelli fate di Mothra) avvertono il governo giapponese che Godzilla continua a tornare in Giappone perché hanno usato le ossa del Godzilla originale nel progetto Kiryu. Se restituiscono le ossa al fondo del mare, Mothra prenderebbe volentieri il posto di Kiryu nella difesa del Giappone, ma se non lo fanno, Mothra dichiarerà guerra all’umanità. Ben presto, Kamoebas, una gigantesca tartaruga mata mata, viene trovata arenata su una spiaggia giapponese. Dai ferite sul collo di Kamoebas si determina che Godzilla l’ha uccisa. Godzilla e Mothra combattono, ma Godzilla sembra avere il sopravvento. Con le riparazioni terminate giusto in tempo, Kiryu riesce ad agitare le sorti delle sorti, ma Godzilla riesce comunque a sbattere sia lui sia Mothra. Nel frattempo, sull’Infant Island, due larve gemelle di Mothra schiudono dall’uovo di Mothra e corrono ad aiutare la loro madre. Mentre Kiryu è nuovamente sottoposto a riparazioni, le larve cercano di tenere a bada Godzilla, ma Mothra si sacrifices se ne va sorvolando sul respiro atomico di Godzilla, salvando le larve. Al momento giusto, Yoshito e gli umani riparano Kiryu, che trafigge il petto di Godzilla con un trapano, facendo sanguinare Godzilla e ruggire di dolore. Le larve iniziano a legare Godzilla con la seta. Proprio mentre il pilota di Kiryu, Azusa Kisaragi, riceve l’ordine da Igarashi di distruggere Godzilla prima che il progetto Kiryu venga accantonato, l’anima di Kiryu si risveglia attraverso il ruggito di Godzilla. Il cyborg solleva Godzilla e ne assicura la presa con cavi. Kiryu quindi usa i booster per portarsi a sé e Godzilla sul fondo dell’oceano. Nella scena post-crediti del film, in un luogo non divulgato, viene mostrato un laboratorio pieno di barattoli che contengono il DNA di numerosi kaiju Toho. Viene affermato nella versione giapponese da un narratore che annuncia che un esperimento di “bio-formazione” che coinvolge un “soggetto estinto” sta per avere luogo, implicando che la JXSDF prevede di creare un altro superarmamento basato su mecha o kaiju, il che potrebbe significare che Godzilla o un altro mostro potrebbe riapparire. Nella versione giapponese, Godzilla e Kiryu vengono visti una volta in più, ruggire mentre scendono nell’oceano. Godzilla Final Wars: Anni dopo un attacco iniziale a Tokyo nel 1954, Godzilla è intrappolato sotto ghiaccio in Antartide dopo una battaglia con il Gotengo originale. Negli anni successivi, disastri ambientali provocano l’apparizione di mostri giganti e superumani, soprannominati “mutanti”, che vengono poi reclutati nell’Earth Defense Force (EDF) per combattere i mostri. Un Gotengo aggiornato, comandato dal Capitano Gordon, combatte e distrugge Manda, ma la nave viene danneggiata nel processo e il suo capitano Douglas Gordon viene sospeso dall’EDF. Il soldato mutante Shinichi Ozaki è incaricato di sorvegliare una biologia delle Nazioni Unite, la Dott.ssa Miyuki Otonashi, che viene inviata a studiare un mostro mummificato. Vengono teletrasportati sull’Infant Island dove incontrano le Shobijin, fate di Mothra, che rivelano che il mostro mummificato è Gigan, un cyborg alieno inviato per distruggere la Terra che è stato in ultima analisi sconfitto da Mothra. Avvertono che una battaglia tra bene e male avrà luogo presto e che Ozaki deve scegliere una parte. Enormi mostri iniziano ad attaccare diverse grandi città. L’EDF affronta le creature, che scompaiono misteriosamente nello stesso istante in cui appare una navicella aliena madre sugli cieli di Tokyo. Gli alieni, chiamati Xiliens, avvertono che un pianeta in avvicinamento chiamato “Gorath” colpirà presto la Terra. Viene firmato un trattato di pace tra Terra ed i Xiliens. Nel frattempo, Minilla, il figlio di Godzilla, viene trovato nella foresta da un ragazzo e dal nonno. Diffidenti verso i Xiliens, Ozaki, Miyuki e sua sorella Anna scoprono che Gorath che hanno visto è in realtà un ologramma e che gli alieni hanno sostituito diversi membri dell’EDF con duplicati. Dopo che la loro specie viene esposta, uccidendo il proprio superiore per prendere il comando, il Controller X dei Xilien rivela i loro piani di usare gli umani come fonte di cibo mentre prendono il controllo di tutti i mutanti salvataggio Ozaki. X ha anche i mostri posti sotto il suo controllo e risveglia Gigan per farli spazzare via l’EDF. Il gruppo scappa con Gigan che li insegue, Gordon li convince a recarsi in Antartide per liberare Godzilla che distrugge facilmente Gigan. Il Gotengo guida poi Godzilla in battaglia con gli altri mostri e torna a Tokyo per affrontare gli Xiliens. Dopo aver forato la navicella madre, il gruppo viene catturato e portato davanti a X mentre ha convocato Gorath sulla Terra. Anche se Godzilla distrugge Gorath proprio prima che cada, quest’ultimo scatena Monster X e i due mostri combattono. Un Gigan potenziato aiuta Monster X, ma viene intercettato da Mothra, che è gravemente ferita mentre riesce a distruggere il cyborg. A bordo della navicella Xilien, mentre nasce uno scontro e non riescono a prendere il controllo dell’umano a causa della benedizione delle Shobijins, X rivela che sia lui sia Ozaki sono esseri superiori noti come "Keizers". X viene ferito mortalmente, ma fa detonare l’auto-distruzione della nave mentre il gruppo si allontana sul Gotengo poco prima che la navicella esploda. Godzilla e Monster X continuano la loro battaglia mentre quest’ultimo si trasforma nella sua forma vera, Keizer Ghidorah. Keizer Ghidorah inizialmente prende il sopravvento ma Godzilla emerge vittorioso alla fine. Minilla arriva sulla scena e convince Godzilla a non distruggere il Gotengo. I sopravvissuti guardano Godzilla e Minilla tornare nell’oceano.