Godzilla vs. MechaGodzilla II: Nel 1992, le Nazioni Unite istituiscono il United Nations Godzilla Countermeasures Center (UNGCC) per fermare Godzilla. La testa centrale meccanica di Mecha-King Ghidorah viene recuperata dalla ramo militare dell'UNGCC, noto come G-Force, e riprogettata per creare due macchine anti-Godzilla, la prima delle quali è un velivolo da combattimento aereo chiamato Garuda e un mecha modellato su Godzilla chiamato Mechagodzilla. Due anni dopo, in una missione sull’Adona Island nel Mare di Bering, un team giapponese trova quello che presume sia una grande uova di Pterosauro. L’uovo emette un segnale telepatico che attira Godzilla e Rodan, un Pteranodonte adulto irradiato dai rifiuti nucleari. Godzilla ferisce gravemente Rodan nel susseguente scontro, mentre il team di ricerca riesce a fuggire con l’uovo. Viene portato in un centro di ricerca a Kyoto, dove impara a riconoscere una giovane scienziata femmina. Quando un Baby Godzilla schiude dall’uovo, il team di ricerca conclude che l’uovo è stato lasciato nel nido di Pteranodonte insieme a Rodan in modo simile al parassitismo di covata mostrato dai cuculi europei. Godzilla appare in Giappone, ancora una volta rispondendo alla chiamata psichica della creatura. Il JSDF mobilita Mechagodzilla, che intercetta Godzilla mentre si dirige verso Kyoto. I due combattono, con Mechagodzilla apparentemente in vantaggio finché Godzilla disabilita Mechagodzilla con un impulso energetico. Godzilla continua a cercare Baby, ma gli scienziati, avendo scoperto il legame telepatico tra i mostri, proteggono l’uovo. Frustrato, Godzilla distrugge la maggior parte di Kyoto prima di tornare nell’oceano. Test sull’ometto rivelano che ha un secondo cervello nelle anche che controlla i movimenti dell’animale. L’UNGCC presume che lo stesso valga anche per Godzilla e decide di usare Baby per attirare Godzilla in un combattimento con Mechagodzilla. Il “G-Crusher” viene installato nei polsi di Mechagodzilla, permettendo al robot di penetrare la pelle di Godzilla e paralizzare il mostro distruggendone il secondo cervello. Miki Saegusa, una giovane psichica, viene ordinata di far parte dell’equipaggio di Mechagodzilla e di localizzare il cervello spinale di Godzilla. Ella è riluttante a farlo, a causa della sua connessione mentale con Godzilla (stabilita in Godzilla vs. Biollante), ma segue gli ordini. Il piano si ritorce contro quando Rodan, sopravvissuto al combattimento con Godzilla e ulteriormente mutato dalle radiazioni, risponde al richiamo di Baby e intercetta il trasporto dell’UNGCC. Ecostringe l’UNGCC a inviare Mechagodzilla e Garuda dopo Rodan, e, nel susseguente scontro, Rodan è mortalmente ferito. Godzilla arriva pochi istanti dopo e attacca Mechagodzilla. Quando i due sembrano equamente abili, Mechagodzilla si combina con Garuda. Il Mechagodzilla potenziato, chiamato Super-Mechagodzilla, esegue il piano G-Crusher e riesce a paralizzare Godzilla. Improvvisamente, il Rodan morente, nuovamente rivitalizzato dal richiamo di Baby, comincia a volare verso Baby, ma viene abbattuto da Mechagodzilla, schiantandosi sull’apice di Godzilla. La forza vitale di Rodan rigenera il secondo cervello di Godzilla e lo potenzia. Ora più inarrestabile che mai, Godzilla attacca e distrugge Super-Mechagodzilla con un raggio atomico a spirale rossa ad alta potenza. Godzilla finalmente localizza Baby, che inizialmente ha paura del gigante mostro. Miki comunica telepaticamente con Baby, convincendolo ad andare con Godzilla. I due mostri si dirigono verso il mare. Godzilla vs. SpaceGodzilla: Le cellule di Godzilla portate nello spazio da Biollante e Mothra sono esposte a una radiazione intensa proveniente da un buco nero, dando origine a SpaceGodzilla, che rapidamente si dirige verso la Terra, distruggendo una stazione spaziale NASA lungo il percorso. Nel frattempo, membri del United Nations Godzilla Countermeasures Center arrivano all’Birth Island per piazzare un dispositivo di controllo mentale su Godzilla. Le Cosmos, le due sacerdotesse gemelle di Mothra, appaiono per psichico Miki Saegusa e la avvertono dell’arrivo di SpaceGodzilla. M.O.G.U.E.R.A. (Mobile Operations G-Force Universal Expert Robot: Aero-type), un mecha costruito dalla JSDF per sostituire Mechagodzilla, viene inviato per intercettare SpaceGodzilla, ma subisce danni nel processo. SpaceGodzilla atterra sull’Birth Island e attacca la prole di Godzilla, Little Godzilla. Godzilla interviene ma si sente sopraffatto da SpaceGodzilla ed è impotente a fermare la sua clona, che imprigiona Little Godzilla in una prigione di cristallo. SpaceGodzilla parte per il Giappone con Godzilla all’inseguimento. Poco dopo, la Yakuza rapisce Miki e la riporta nella loro base a Fukuoka nel tentativo di usare le sue abilità psichiche per ottenere il controllo su Godzilla. Miki viene salvata da una squadra di soccorso prima che SpaceGodzilla arrivi. SpaceGodzilla atterra nel centro di Fukuoka e forma una massiccia fortezza di cristalli celesti. M.O.G.U.E.R.A. arriva per combattere SpaceGodzilla ancora una volta, ma non è affatto un avversario per esso. Godzilla arriva a Kagoshima Bay e combatte SpaceGodzilla, ma SpaceGodzilla conquista facilmente il sopravvento. La JSDF scopre che SpaceGodzilla sta usando la Torre Fukuoka come convertitore di energia, utilizzandola per trasformare il nucleo della Terra in un’energia che SpaceGodzilla può assorbire, uccidendo lentamente il pianeta. Mentre Godzilla lotta con SpaceGodzilla, M.O.G.E.R.A. si divide in due differenti mechas: la Star Falcon, una corazzata volante, e la Land M.O.G.U.E.R.A., un carro armato con un grande trapano davanti. I mecha danneggiano la fortezza di cristallo mentre Godzilla fa crollare la Torre Fukuoka, tagliando l’alimentazione di SpaceGodzilla. M.O.G.U.E.R.A. si riforma rapidamente e spara via le formazioni a spalla simili a cristallo di SpaceGodzilla, indebolendolo. SpaceGodzilla infligge danni critici a M.O.G.U.E.R.A., ma viene successivamente incenerito dal raggio termico atomico superpotenziato di Godzilla. Godzilla fa ritorno all’Birth Island dopo che Miki usa i suoi poteri psichici per rimuovere il dispositivo di controllo mentale dal suo collo. Little Godzilla viene quindi liberato dalla prigione di cristallo e inizia a emettere piccole bolle radioattive.