Dopo essere stato tirato fuori dal mare con due proiettili nella schiena, Jason Bourne si risveglia su una barca da pesca senza alcun ricordo del suo coinvolgimento in un ramo segreto, operazioni nere della CIA chiamato Treadstone. Mentre lotta per riacquisire la memoria, i suoi ex datori di lavoro lo etichettano come agente rinnegato e mirano a eliminarlo. Bourne in seguito riscopre le sue straordinarie abilità di sopravvivenza, tra cui combattimento corpo a corpo, arti marziali e molteplici lingue, e inizia a capire chi è davvero.