In seguito all'atto supremo di sacrificio di Spock, l'equipaggio della U.S.S. Enterprise torna sulla Terra dalla pianeta Genesis recentemente formata. All'arrivo, l'equipaggio scopre che la vita a casa non sarà più facile: Scotty viene riassegnato, il dottor McCoy sembra impazzire, e l'Enterprise deve essere decommissionata. È solo quando a Kirk si presenta il padre di Spock che scopre che il suo vecchio amico potrebbe avere un'altra possibilità di vita, se l'equipaggio riuscirà a sopravvivere a un attacco dei Klingon e a tornare sul pianeta Genesis.