Neo, Morpheus, Trinity e il resto della loro squadra continuano a combattere le macchine che hanno schiavizzato la razza umana nel Matrix. Ora, più esseri umani si svegliano dal matrix e cercano di vivere nel mondo reale. Man mano che il loro numero cresce, la battaglia si sposta su Zion, l’ultima città reale e centro della resistenza umana.