Efter de franska kärnvapentestena i Stillahavsområdet påträffas en okänd varelse som flyttar österut genom Panamakanalen. Wissenschaft Niko Tatopolous kallas in för att undersöka ärendet och han drar snabbt slutsatsen att en gigantisk, irradierad ödla har skapats av explosionerna. Godzilla tar sig sedan norrut och landar i Manhattan för att börja förgöra storstaden. Även med de samlade styrkorna från den amerikanska militären för att bekämpa monstret, kommer det räcka för att rädda folket i New York?