Godzilla: Tokyo S.O.S: År 2004 genomgår Kiryu reparationsmodifieringar efter striden med Godzilla ett år tidigare. Premiärminister Hayato Igarashi accepterar Ledande Vetenskapsman Yoshito Chujos val att ersätta Absolute Zero-kanonen med en kraftfull Tri-Maser. Shobijin (Mothras tvillingsagor) varnar den japanska regeringen att Godzilla fortsätter återvända till Japan eftersom de använde ben från den ursprungliga Godzilla i Kiryu-designen. Om de återför benen till havets botten skulle Mothra gärna ta Kiryus plats i försvar av Japan, men om de inte gör det kommer Mothra förklara krig mot mänskligheten. Snart nog hittas Kamoebas, en jättestor mata mata-sköldpadda, spolad i land vid en japansk strand. Det fastställs av såren runt Kamoebas hals att Godzilla dödade den. Godzilla och Mothra strider, men Godzilla verkar ha övertaget. Med reparationerna färdiga precis i tid lyckas Kiryu jämna ut oddsen, men Godzilla lyckas fortfarande nedslå både den och Mothra. Under tiden på Infant Island kläcks två tvilling-Mothra-larver ur Mothras ägg och skyndar sig för att hjälpa sin mor. När Kiryu återgår till reparationer försöker larverna hålla Godzilla borta, men Mothra offrar sig genom att flyga i vägen för Godzillas atomburna andedräkt och räddar larverna. Just in time återupplivar Yoshito och människorna Kiryu, som sticker Godzillas bröst med en borr, vilket får Godzilla att blöda och ryta av smärta. Larverna börjar binda Godzilla i silke. Precis när Kiryu-piloten Azusa Kisaragi får order av Igarashi att förinta Godzilla innan Kiryu-projektet skrotas, återuppväcks Kiryus själ genom Godzillas dån. Cyborgen lyfter Godzilla och säkrar sitt grepp med kablar. Kiryu använder sedan sina jetpacks för att bära sig själv och Godzilla till havets botten. I filmens post-credits-scen, på ett oklart plats, visas ett laboratorium fullt med burkar som innehåller DNA från många Toho-kaiju. Det sägs i den japanska versionen via en berättarröst som meddelar att ett "bio-formations" experiment som involverar ett "utdött subjekt" kommer att äga rum, vilket antyder att JXSDF planerar att skapa ännu en mech- eller kaiju-baserad supervapen, vilket kan innebära att Godzilla eller en annan monster kan dyka upp igen. I den japanska versionen ses Godzilla och Kiryu en gång till, ryta när de sjunker ned i havet. Godzilla Final Wars: År efter ett första angrepp på Tokyo 1954 är Godzilla instängd under is i Antarktis efter en strid med originalgotengo. Under senare år orsakar miljökatastrofer framväxten av jättemonster och supermänniskor, kallade "mutants", som sedan rekryteras till Earth Defense Force (EDF) för att bekämpa monstren. En uppgraderad Gotengo, kommenderad av Kapten Gordon, slår ut Manda men fartyget spolas bort i processen och dess kapten Douglas Gordon avskedas från EDF. Mutantsoldaten Shinichi Ozaki får i uppgift att vaka över en UN-biolog, Dr. Miyuki Otonashi, som skickas för att studera ett mumifierat monster. De teleporteras till Infant Island där de möter Shobijin, Mothras feer, som avslöjar att det mumifierade monstret är Gigan, ett utomjordiskt cyborgsänd för att förstöra jorden som i slutändan besegrades av Mothra. De varnar att en kamp mellan gott och ont kommer att äga rum snart och att Ozaki måste välja en sida. Jättemonster börjar anfalla flera större städer. EDF engagerar varelserna, som mystiskt försvinner samtidigt som en utomjordisk rymdskepp syns över Tokyo. Utomjordingarna, kallade Xiliens, varnar att en inkommande planet kallad "Gorath" snart kommer att krocka med jorden. En fredsöverenskommelse skrivs under mellan jorden och Xiliens. Under tiden hittas Minilla, Godzillas son, i skogen av en pojke och hans farfar. Misstroende mot Xiliens upptäcker Ozaki, Miyuki och hennes syster Anna att Gorath de såg egentligen är en hologram och att utomjordingarna har bytt ut flera EDF-medlemmar mot dubbletter. Efter att deras art är avslöjad mördar han sin överordnade för att ta ledningen, Xilien-Kontroller X avslöjar deras planer att använda människor som föda medan de tar kontroll över alla mutanter utom Ozaki. X har även monsterna under sin kontroll och väcker Gigan för att få dem att utplåna EDF. Gruppen flyr med Gigan i hasorna, Gordon övertygar dem att resa till Antarktis för att släppa Godzilla som enkelt förstör Gigan. Gotengo leder sedan Godzilla till strid med de andra monstern och återvänder till Tokyo för att möta Xiliens. Efter att ha trängt igenom moderskeppet fångas gruppen och förts inför X när han har kallat Gorath till jorden. Även om Godzilla förstör Gorath precis innan den kraschar, väcker den Monster X och de två monstren slåss. En uppgraderad Gigan hjälper Monster X men blir avbruten av Mothra, som blir allvarligt skadad samtidigt som hon lyckas förstöra cyborgen. I Xilien-skeppet, medan en strid utbryter och hindras från att ta kontroll över människan på grund av Shobijins välsignelse, avslöjar X att han och Ozaki är överlägsna varelser kända som "Keizers". X blir dödligt sårad men utlöser skeppets självförstöring när gruppen retirer till Gotengo strax innan moderskeppet exploderar. Godzilla och Monster X fortsätter sin kamp medan den senare förvandlas till sin sanna form, Keizer Ghidorah. Keizer Ghidorah får först övertaget men Godzilla segrar till slut. Minilla dyker upp på platsen och övertygar Godzilla att inte förstöra Gotengo. De överlevande ser Godzilla och Minilla återvända till havet.