Godzilla Vs. Destroyah Godzilla, dess kropp brinner, belägrar Hongkong. Det uppdagas att Monsterkungens är på väg att smälta ner. Om Godzilla når en kritisk temperatur kommer en efterföljande detonation att spränga rakt genom jordens kärna och få ett kataklysmiskt resultat. Samtidigt ses en mystisk ras av krustatsjöstiska liknande varelser över hela Japan. Nya studier har gjorts på en process kallad Micro Oxygen, en metod för att öka storleken på något som ett möjligt sätt att hjälpa till med livsmedelsbrist. Men denna nya varelse verkar ha en äldre historia, född ur Oxygen Destroyer själv som dödade den ursprungliga Godzilla 1954. Godzilla vs. Megaguirus: År 1954 uppträder Godzilla först och attackerar Tokyo, och omger staden i lågor. Japan bygger upp igen, men 1966 återväcker Godzilla efter att ha etablerat ett kärnkraftverk. Skapelsen attackerar Tokai och förstör anläggningen. Landet söker sedan undvika kärnkraft, men finner sig oförmögna att driva nationen. År 1996 görs ett genombrott med en ny energikälla: plasmas energi. Tyvärr väcker detta också Kungens Monster, som attackerar Osaka och byggnaden som lagrar teknologin. Som skada i räddningsuppdraget dödas Kiriko Tsujimori:s befälhavare, vilket orsakar en hämnd mellan henne och Godzilla. Fem år senare börjar G-Graspers, en grupp avsedd att hantera Godzilla, att testa ett nytt vapen: Dimension Tide som skapar miniatyrsvarta hål. Det är deras hopp att detta slutligen kommer att döda Godzilla. Däremot väcker testet en annan, forntida ondska...