Godzilla vs. King Ghidorah: Sätt i 1992, science fiction-författaren Kenichiro Terasawa (Kosuke Toyohara) skriver en bok om Godzilla och får höra talas om en grupp japanska soldater stationerade på Lagos Island under Gilbert- och Marshallöarnas kamp. I februari 1944, när de japanska soldaterna hotas av amerikanska soldater, räddas de av en mystisk dinosaurie. Han teoretiserar att dinosaurien senare muterades till Godzilla 1954 efter ett vätebombstest på ön. Yasuaki Shindo (Yoshio Tsuchiya), en förmögen affärsman som komandedirade de japanska soldaterna på Lagos Island, bekräftar att dinosaurien faktiskt existerade. Under tiden landar ett UFO på Mount Fuji. När den japanska armén undersöker möts de av Wilson (Chuck Wilson), Grenchiko (Richard Berger), Emmy Kano (Anna Nakagawa) och en android, M-11 (Robert Scott Field). Besökarna, kända som “Futurians”, förklarar att de är människor från år 2204, där Godzilla helt har förstört Japan. Futurians planerar att resa tillbaka i tiden till 1944 för att avlägsna dinosaurien från Lagos Island innan ön bestrålas 1954, och därigenom förhindra mutationen av varelsen till Godzilla. Som bevis för sin berättelse presenterar Emmy en kopia av Terasawas bok, som ännu inte är färdig i nuvarande tid. Futurians, Terasawa, Miki Saegusa (Megumi Odaka) och Professor Mazaki (Katsuhiko Sasaki) går ombord på ett tidsultraljus och reser tillbaka till 1944 till Lagos Island. Där, när amerikanska styrkor landstiger och engagerar de japanska styrkorna ledda av Shindo, attackerar dinosaurien och dödar de amerikanska soldaterna. Den amerikanska flottan bombar sedan dinosaurien från havet och livshotande sår den. Efter att Shindo och hans män lämnar ön teleporterar M-11 dinosaurien från Lagos Island till en plats i Berings sund. Innan de återvänder till 1992 lämnar Futurians i hemlighet tre små varelser kallade Dorats på Lagos Island, som utsätts för strålningen från vätebombstestet 1954 och smälter samman till King Ghidorah, som sedan uppträder i nutida Japan. Efter att ha återvänt till 1992 använder Futurians King Ghidorah för att underkuva Japan. De framställer ett ultimatum, men Japan vägrar att kapitulera. Känns sympati för det japanska folket avslöjar Emmy för Terasawa sanningen bakom Futurians uppdrag: i framtiden är Japan en ekonomisk supermakt som har överträffat Förenta staterna, Ryssland och Kina. Futurians reste tillbaka i tiden i syfte att förändra historien och förhindra Japans framtida ekonomiska dominerande genom att skapa King Ghidorah och använda den för att förgöra nutida Japan. Samtidigt planerade de också att utplåsa Godzilla ur historien så att den inte skulle utgöra ett hot mot deras planer. Efter att M-11 tar Emmy tillbaka till UFO:n omprogrammerar hon androiden så att den kommer att hjälpa henne. Med M-11s och Terasawas hjälp saboterar Emmy UFO:ns kontroll över King Ghidorah. Samtidigt planerar Shindo att använda sin kärnkraftsubåt för att återskapa Godzilla. På väg mot Berings sund förstörs Shindos ubåt av en redan muterad Godzilla, som absorberar dess strålning och blir ännu större och kraftfullare. Terasawa upptäcker att en rysk kärnvapenubåt sjönk i Berings sund på 1970-talet och släppte tillräckligt med strålning för att mutera dinosaurien till Godzilla. Godzilla anländer till Japan och möts av King Ghidorah. De kämpar med lika styrka, varje motstår den andras attacker. Godzilla avslutar slutligen kampen genom att spränga Ghidorahs mitt huvud. Innan sista slaget förstör Godzilla UFO:n, dödar Wilson och Grenchiko. Godzilla vänder sedan sin uppmärksamhet mot Tokyo, förstör staden och dödar Shindo. Emmy reser till framtiden med M-11 och återvänder till nutiden med Mecha-King Ghidorah, en cybernetisk version av King Ghidorah. Den cybernetiska Ghidorah spränger Godzilla med energistrålar, vilket visar sig vara verkningslöst. Godzilla svarar sedan genom att oförtrutet spränga Ghidorah med sin atomstråle, nästan halshuggande Ghidorah. Ghidorah överlever men Godzilla segrar, knoppar Ghidorah ned. Emmy för bort Godzilla och släpper ner den och Ghidorah i havet. Emmy återvänder sedan till framtiden, men inte innan hon berättar för Terasawa att hon är hans ättling. I havets botten vaknar Godzilla och ryter över Ghidorahs remains innan den simmar vidare. Godzilla och Mothra: The Battle for Earth Handlar om mitten av 1992, efter händelserna i föregående film (Godzilla vs. King Ghidorah), en meteor landar i Ogasawara-graven och väcker Godzilla till liv. Sex månader senare hålls upptäcktsresanden Takuya Fujito kvarhållna efter att ha stulit en gammal artefakt. Senare erbjuder en representant för Japans premiärminister att få åtalens fall borttaget om han undersöker Infant Island tillsammans med sin före detta fru Masako Tezuka och Kenji Ando, sekreterare för det giriga Marutomo-samhället. Efter trion anländer till ön finner de en grotta med en avbildning av två jättelika insekter i strid. Vidare utforskning leder dem till ett gigantiskt ägg och ett par små humanoider kallade Cosmos, som identifierar ägget som tillhör Mothra. Cosmos förklarar om en forntida civilisation som försökte kontrollera jordens klimat, vilket väckte jätten Battra, som blev okontrollerbar och började skada den planet som skapade den. Mothra, den andra jordbeskyddaren, utkämpade en apokalyptisk strid med Battra, som till slut förlorade. Cosmos förklarar hur meteoriten rensade upp Mothras ägg, och kan ha väckt Battra, som fortfarande är bitter över mänsklighetens inblandning i jordens naturliga ordning. Marutomo-samhället skickar en frakt till Infant Island för att hämta ägget, i ostensiv av att skydda det. Medan de seglar dyker Godzilla upp till ytan och styr mot den nykläckta Mothra-larven. Battra, också som en larva, dyker snart upp och ansluter sig till striden, vilket tillåter Mothra att retirera. Striden mellan Godzilla och Battra förs vidare under vatten, där kraften i striden orsakar ett gigantiskt sprick i havsbottnen som sväljer de båda. Masako och Takuya upptäcker senare Andos sanna avsikter när han kidnappar Cosmos och tar dem till Marutomo-högkvarteret, där VD:n tänker använda dem för publicitetsändamål. Mothra tar sig in i Tokyo i ett försök att rädda Cosmos, men attackeras av JSDF. Den sårade Mothra vänder sig mot Diet-byggnaden och börjar bygga en kokon runt sig själv. Under tiden dyker Godzilla upp ur Mount Fuji. Både Mothra och Battra når sina imago-former och konvergerar vid Yokohama Cosmo World. Godzilla avbryter striden och attackerar Battra. De två maljorna beslutar att förena sina krafter mot Godzilla. Till slut övermannar Mothra och Battra Godzilla och för dem över havet. Godzilla biter Battras hals och avfyra sin atomandning i såret, vilket dödar Battra. En trött Mothra släpper Godzilla och den livlösa Battra i vattnet nedanför, och låser in Godzilla under ytan genom att skapa en mystisk tecken med fjäll från hennes vingar. Nästa morgon förklarar Cosmos att Battra har väntat många år för att förstöra ett ännu större meteor som skulle hota jorden 1999. Mothra hade lovat att stoppa framtida kollision om Battra skulle dö, och hon och Cosmos lämnar jorden medan människorna säger farväl.