Godzilla vs. MechaGodzilla II: År 1992 inrättar Förenta nationerna United Nations Godzilla Countermeasures Center (UNGCC) för att stoppa Godzilla. Den mekaniska mittdelshuvudet på Mecha-King Ghidorah räddas av UNGCC:s militära gren, känd som G-Force, och bakreplottas för att skapa två anti-Godzilla-maskiner, den första är ett luftbaserat artilleriågat kallat Garuda och en mechaut som efterliknar Godzilla kallad Mechagodzilla. Två år senare, på ett uppdrag till Adona Island i Beringhavet, stöter ett japanskt team på vad de antar är ett stort Pteranodon-egg. Ägget avger en telepatisk signal som dras till Godzilla och Rodan, en vuxen Pteranodon som blivit bestrålad av kärnavfallet. Godzilla sårar Rodan svårt under den nästa striden, medan forskarteamet flyr med ägget. Det tas till ett forskningscenter i Kyoto, där det imprints på en ung kvinnlig vetenskapsman. När ett Baby Godzilla kläcks ur ägget, drar forskarteamet slutsatsen att ägget lämnades i Pteranodon-nestet tillsammans med Rodan på ett sätt som liknar de brood-parasitism som europeiska gökser uppvisar. Godzilla dyker upp i Japan och svarar återigen på varelseens psykiska kallelse. JSDF mobiliserar Mechagodzilla, som avbryter Godzilla när den gör sig redo att ta sig till Kyoto. De två slåss, med Mechagodzilla som verkar ha övertaget tills Godzilla stänger av Mechagodzilla med en energipuls. Godzilla fortsätter leta efter Baby, men forskarna, som har upptäckt den telepatiska länken mellan monstren, skyddar den från Godzilla. Förbannad, förstör Godzilla större delen av Kyoto innan den återvänder till havet. Tester på babyn avslöjar att den har en andra hjärna i höfterna som styr djurets rörelse. UNGCC antar att detta också gäller Godzilla, och beslutar att använda Baby som bete för att locka Godzilla till en duell med Mechagodzilla. "G-Crusher" installeras i Mechagodzillas handleder, vilket gör att roboten kan penetrera Godzillas skinn och förlama monstren genom att förstöra hans andra hjärna. Miki Saegusa, en ung psyki, uppmanas att bli en del av Mechagodzillas besättning och att lokalisera Godzillas ryggmärnshjärna. Hon är motvillig att göra det på grund av sin mentala koppling till Godzilla (etablerad i Godzilla vs. Biollante), men följer sina order. Planen slår bak ut när Rodan, som överlevt striden med Godzilla och ytterligare muterad av strålning, svarar på Babys kallelse och avbryter UNGCC:s transport. UNGCC tvingas sända Mechagodzilla och Garuda mot Rodan istället och i den efterföljande striden får Rodan allvarliga skador. Godzilla dyker upp ögonblick senare och attackerar Mechagodzilla. När de två verkar jämnt matchade förenar sig Mechagodzilla med Garuda. Den uppgraderade Mechagodzilla, kallad Super-Mechagodzilla, genomför G-Crusher-planen och lyckas förlama Godzilla. Plötsligt, den döende Rodan, återuppväckt av Baby:s kallelse, börjar flyga mot Baby, men blir nedskjuten av Mechagodzilla och kraschar ovanpå Godzilla. Rodans livskraft återger Godzillas andra hjärna och överladdar den. Nu mer ostoppbar än tidigare attackerar Godzilla och förstör Super-Mechagodzilla med en högeffekt-action spiralatomstråle. Godzilla hittar äntligen Baby, som först är rädd för den stora monstret. Miki kommunicerar telepaktiskt med Baby och övertygar den att följa med Godzilla. De två monstren beger sig ut till havet. Godzilla vs. SpaceGodzilla: Godzillaceller som tagits upp i rymden av Biollante och Mothra utsätts för intensiv strålning från ett svart hål, vilket resulterar i födelsen av "SpaceGodzilla", som snabbt tar sig till jorden och förstör en NASA-rymdstation längs vägen. Under tiden anländer medlemmar av United Nations Godzilla Countermeasures Center till Birth Island för att plantera en tankestyrningsenhet på Godzilla. Cosmos, Mothras tvillprästinnor, uppenbarar sig för telepatiske Miki Saegusa och varnar henne för SpaceGodzillas ankomst. M.O.G.U.E.R.A. (Mobile Operations G-Force Universal Expert Robot: Aero-type), en mech byggd av JSDF för att ersätta Mechagodzilla, skickas in för att avbryta SpaceGodzilla men lider skada i processen. SpaceGodzilla landar på Birth Island och angriper Godzillas avkomma, Little Godzilla. Godzilla ingriper men blir helt överväldigad av SpaceGodzilla och har ingen kraft att stoppa dess klon från att fängsla Little Godzilla i ett kristallfängelse. SpaceGodzilla lämnar för att åka till Japan med Godzilla på eftersök. Strax därefter kidnappar Yakuza Miki och för tillbaka henne till deras bas i Fukuoka i ett försök att använda hennes psykiska förmågor för att få kontroll över Godzilla. Miki räddas av ett räddningsteam innan SpaceGodzilla anländer. SpaceGodzilla landar i centrala Fukuoka och bildar en massiv fästning av himmelska kristaller. M.O.G.U.E.R.A. anländer för att återigen bekämpa SpaceGodzilla, men är fortfarande ingen match för den. Godzilla anländer till Kagoshima Bay och bekämpar SpaceGodzilla, men SpaceGodzilla får lätt övertaget. JSDF upptäcker att SpaceGodzilla använder Fukuoka-tornet som en kraftomvandlare, och använder den för att omvandla jordens kärna till en energi som SpaceGodzilla kan absorbera, vilket långsamt dödar planeten. Medan Godzilla brottas med SpaceGodzilla delar M.O.G.E.R.A. sig i två olika mechas: Star Falcon, ett flygande slagskepp, och Land M.O.G.U.E.R.A., en stridsvagn med en stor borr framför sig. Mechasarna skadar kristallfortet medan Godzilla pressar Fukuoka-tornet och avskär SpaceGodzillas energiförsörjning. M.O.G.U.E.R.A. ombildas snabbt och avger SpaceGodzillas kristalllika axelformationer, vilket försvagar den. SpaceGodzilla orsakar kritisk skada på M.O.G.U.E.R.A., men blir därefter uppbränt av Godsillas superladdade atomiska värmestråle. Godzilla tar sig tillbaka till Birth Island efter att Miki använt sina psykiska krafter för att ta bort tankestyrningsenheten från dess hals. Little Godzilla befrias från kristallfängelset och börjar blåsa små radioaktiva bubblor.