Anklagad för terroristbombningen av Kreml, blir IMF-operatören Ethan Hunt avsnivad tillsammans med resten av byrån när presidenten startar "Ghost Protocol". Utan några resurser eller backup måste Ethan hitta ett sätt att renodla byråns namn och förhindra ännu ett attentat. För att göra saken ännu mer komplicerad tvingas Ethan ge sig ut på denna uppdrag med ett team av IMF-flyktingar vars personliga motiv han inte helt känner till.