Efter att ha blivit draget upp ur havet med två skott i ryggen vaknar Jason Bourne på en fiskebåt utan minne av sitt engagemang i CIA:s topphemliga, svarta ops-avdelning Treadstone. När han kämpar för att återfå sitt minne benämner hans tidigare arbetsgivare honom som en trolös agent och siktar på att avsluta honom. Bourne återupptäcker senare sina extraordinära överlevnadsfärdigheter, inklusive hand-i-hand-strid, kampsport och flera språk, och börjar förstå vem han egentligen är.