När hans älskare mördas och han felaktigt anklagas för mordet på en kollega blir Jason Bourne åter på flykt. Men när han närmar sig sina flickväns mördare inser han att hans tidigare handhavare är tillbaka på hans spår. Efter att hans fingeravtryck hittas på mordplatsen i Berlin blir en ambitiös CIA-operation rekryterad att stoppa honom en gång för alla. Plågad av förödande fragmentariska minnen medan han navigerar i labyrintens av internationell spionage, måste Bourne överlista, övermanna och övertyga några av världens mäktigaste krafter bara för att överleva.