Utbryter i Japan på 1870-talet berättar The Last Samurai historien om kapten Nathan Algren, en respekterad amerikansk militär officer anställd av kejsaren av Japan för att träna landets första armé i konsten av modern krigföring. Medan kejsaren försöker utrota de antika kejserliga samurajerna i förberedelse för mer västerländska och handelvänliga regeringspolicier, finner Algren sig oväntat imponeras och påverkas av sina möten med samurajerna, vilket placerar honom i centrum av en kamp mellan två epoker och två världar, med endast sin egen hederskänsla som vägledning.