I kölvattnet av Spocks yttersta handling av uppoffring återvänder besättningen på U.S.S. Enterprise till jorden från den nybildade Genesis-planeten. Vid ankomsten får besättningen veta att livet hemma inte blir enklare: Scotty får bli omplacerad, Dr. McCoy verkar vara på väg att förlora kontakt med verkligheten, och Enterprise ska avvecklas. Det är först när Kirk konfronteras av Spocks far som han upptäcker att hans gamla vän kan få en ny livschans, om besättningen kan överleva ett klingontillslag och återvända till Genesis-planeten.